أداء أربعة فحوصات لتضخيم الحمض النووي لتحديد SARS-CoV-2 في إثيوبيا

شكرًا لك على زيارة Nature.com.أنت تستخدم إصدار متصفح مع دعم محدود لـ CSS.للحصول على أفضل تجربة ، نوصي باستخدام مستعرض محدث (أو تعطيل وضع التوافق في Internet Explorer).بالإضافة إلى ذلك ، لضمان الدعم المستمر ، نعرض الموقع بدون أنماط وجافا سكريبت.
يعرض دائرة مكونة من ثلاث شرائح في وقت واحد.استخدم الزرين السابق والتالي للتنقل عبر ثلاث شرائح في وقت واحد ، أو استخدم أزرار شريط التمرير في النهاية للتنقل عبر ثلاث شرائح في المرة الواحدة.
منذ تفشي مرض فيروس كورونا 2019 (COVID-19) ، تم تطوير العديد من اختبارات تضخيم الحمض النووي التجارية (NAATs) في جميع أنحاء العالم وأصبحت فحوصات قياسية.على الرغم من تطوير العديد من الاختبارات وتطبيقها بسرعة على الاختبارات التشخيصية المخبرية ، لم يتم تقييم أداء هذه الاختبارات في مجموعة متنوعة من الإعدادات.لذلك ، هدفت هذه الدراسة إلى تقييم أداء مقايسات Abbott SARS-CoV-2 و Daan Gene و BGI و Sansure Biotech باستخدام المعيار المرجعي المركب (CRS).أجريت الدراسة في المعهد الإثيوبي للصحة العامة (EPHI) في الفترة من 1 إلى 30 ديسمبر 2020. وتم استخراج 164 عينة من البلعوم الأنفي باستخدام مجموعة QIAamp RNA الصغيرة ونظام تحضير عينات الحمض النووي في أبوت.من بين 164 عينة ، كانت 59.1٪ إيجابية و 40.9٪ كانت سلبية بالنسبة لـ CRS. كانت إيجابية Sansure Biotech منخفضة بشكل ملحوظ مقارنة بـ CRS (P <0.05). كانت إيجابية Sansure Biotech منخفضة بشكل ملحوظ مقارنة بـ CRS (P <0.05). оложительные результаты Sansure Biotech были значительно ниже по сравнению с CRS (p <0،05). كانت النتائج الإيجابية لشركة Sansure Biotech أقل بكثير مقارنة بـ CRS (P <0.05).与 CRS 相比 ， Sansure Biotech 的 阳性 率 显 着 较低 （p <0.05）。与 CRS 相比 ， Sansure Biotech 的 阳性 率 显 着 较低 （p <0.05）。 У Sansure Biotech было значительно меньше положительных результатов по сравнению с CRS (p <0،05). حققت Sansure Biotech نتائج إيجابية أقل بكثير مقارنة بـ CRS (P <0.05).كان الاتفاق العام للتحليلات الأربعة 96.3 - 100٪ مقارنة بـ CRS.بالإضافة إلى معدل الإيجابية المنخفض لمقايسة Sansure Biotech ، كان أداء الاختبارات الأربعة قابلاً للمقارنة تقريبًا.على هذا النحو ، تتطلب مقايسة Sansure Biotech [البحث فقط (RUO)] التحقق الإضافي من صحة استخدامها في إثيوبيا.أخيرًا ، ينبغي النظر في إجراء بحث إضافي لتقييم المقايسات مع ادعاءات الشركة المصنعة المناسبة.
تعد الاختبارات المعملية جزءًا من الخطة الإستراتيجية لمنظمة الصحة العالمية (WHO) للتأهب والاستجابة لمرض فيروس كورونا 2019 (COVID-19).تنصح منظمة الصحة العالمية بأن البلدان بحاجة إلى بناء القدرات المختبرية لتحسين التأهب والإدارة السليمة للحالات واليقظة والاستجابة السريعة لتحديات الصحة العامة.يشير هذا إلى أن دور المختبر هو المفتاح لتوصيف المرض ووبائيات العوامل المعدية الناشئة والسيطرة على انتشارها.
يتطلب تشخيص COVID-19 معلومات وبائية وطبية وأعراض / علامات شخصية وبيانات شعاعية ومختبرية 2.منذ الإبلاغ عن تفشي COVID-19 في ووهان ، الصين ، تم تطوير العديد من اختبارات تضخيم الحمض النووي التجارية (NAATs) في جميع أنحاء العالم.تم استخدام تفاعل البوليميراز المتسلسل للنسخ العكسي في الوقت الحقيقي (rRT-PCR) كطريقة روتينية وقياسية للتشخيص المختبري لعدوى المتلازمة التنفسية الحادة الوخيمة 2 (SARS-CoV-2) 3.يعتمد الاكتشاف الجزيئي لـ SARS-CoV-2 عادةً على جينات N (جين بروتين nucleocapsid) و E (جين بروتين المغلف) و RdRp (جين بوليميريز RNA المعتمد على RNA) في ORF1a / b (إطار قراءة مفتوح 1 أ / ب) .الجين) المنطقة المحددة من الجينوم الفيروسي.تعتبر المناطق المحمية الرئيسية الموجودة في الجينوم الفيروسي للتعرف على الفيروس 4.من بين هذه الجينات ، تتمتع جينات RdRp و E بحساسية عالية للكشف التحليلي ، في حين أن الجين N لديه حساسية تحليلية منخفضة 5.
قد يختلف أداء فحوصات PCR اعتمادًا على عوامل مختلفة مثل: كواشف الاستخراج وكواشف التضخيم / الكشف وطريقة الاستخراج وجودة آلة PCR والأدوات الأخرى.اعتبارًا من أبريل 2020 ، تلقى أكثر من 48 جهازًا تشخيصيًا مختلفًا من تسع دول ترخيص استخدام الطوارئ (EUA) لتشخيصات COVID-196.في إثيوبيا ، يتم استخدام أكثر من 14 منصة PCR في الوقت الحقيقي لاكتشاف PCR لـ SARS-CoV-2 في 26 مؤسسة للصحة العامة ، بما في ذلك ABI 7500 و Abbott m2000 و Roche 48000 و Quant-studio7.بالإضافة إلى ذلك ، تتوفر العديد من مجموعات اختبار PCR ، مثل اختبار Daan Gene ، واختبار Abbott SARS-CoV-2 ، واختبار Sansure Biotech ، واختبار SARS-CoV-2 BGI.على الرغم من أن rRT-PCR حساس للغاية ، إلا أن بعض المرضى الذين يعانون من COVID-19 أبلغوا عن نتائج سلبية خاطئة بسبب عدم كفاية النسخ من الحمض الريبي النووي الفيروسي (RNA) في العينات بسبب التجميع غير الصحيح والنقل والتخزين والمناولة والاختبار المختبري.شروط وأفعال الموظفين 8.بالإضافة إلى ذلك ، يمكن أن يؤدي سوء التعامل مع العينة أو التحكم ، وإعداد عتبة الدورة (Ct) ، والتفاعل المتبادل مع الأحماض النووية المسببة للأمراض أو RNA غير النشط / المتبقي SARS-CoV-2 RNA إلى نتائج إيجابية خاطئة في فحوصات rRT-PCR9.وبالتالي ، من الواضح أن اختبارات تفاعل البوليميراز المتسلسل يمكنها بالفعل تحديد ناقلات الشظايا الجينية ، حيث إنها لا تستطيع حتى التمييز بين الجينات الفيروسية النشطة حقًا ، لذلك لا يمكن للاختبارات تحديد حاملي الشظايا فقط وليس المرضى.لذلك ، من المهم تقييم الأداء التشخيصي باستخدام الطرق القياسية في بيئتنا.على الرغم من توفر العديد من الكواشف NAAT في معهد الصحة العامة الإثيوبي (EPHI) وفي جميع أنحاء البلاد ، لم يتم الإبلاغ عن أي تقييم مقارن لفعاليتها حتى الآن.لذلك ، هدفت هذه الدراسة إلى تقييم الأداء المقارن للمجموعات المتاحة تجاريًا للكشف عن SARS-CoV-2 بواسطة rRT-PCR باستخدام العينات السريرية.
تم تضمين ما مجموعه 164 مشاركًا يشتبه في إصابتهم بـ COVID-19 في هذه الدراسة.كانت غالبية العينات من مراكز العلاج (118/164 = 72٪) ، في حين أن المشاركين الـ 46 (28٪) المتبقين كانوا من مراكز غير معالجة.من بين المشاركين الذين لم يتلقوا العلاج في المركز ، كان لدى 15 (9.1٪) حالات مشتبه بها سريريًا و 31 (18.9٪) لديهم مخالطة للحالات المؤكدة.كان ثلاثة وتسعون (56.7 ٪) من المشاركين من الذكور ، وكان متوسط ​​عمر المشاركين (± SD) 31.10 (± 11.82) سنة.
في هذه الدراسة ، تم تحديد المعدلات الإيجابية والسلبية لأربعة اختبارات لـ COVID-19.وبالتالي ، فإن المعدلات الإيجابية لمقايسة Abbott SARS-CoV-2 ومقايسة Daan Gene 2019-nCoV ومقايسة SARS-CoV-2 BGI و Sansure Biotech 2019-nCoV كانت 59.1٪ و 58.5٪ و 57.9٪ و 55.5٪ على التوالي .كانت درجات المعيار المرجعي المركب الإيجابية والسلبية (CRS) 97 (59.1٪) و 67 (40.9٪) ، على التوالي (الجدول 1).في هذه الدراسة ، استند تعريف CRS إلى قاعدة "أي إيجابية" ، حيث من بين أربعة نتائج اختبار ، اعتبرت اثنتان أو أكثر من نتائج الاختبار التي أعطت نفس النتيجة إيجابية أو سلبية.
في هذه الدراسة ، وجدنا اتفاق النسبة المئوية السلبية (NPA) بنسبة 100٪ (95٪ CI 94.6-100) لجميع التحليلات مقارنة بـ CRS.أظهر تحليل Sansure Biotechnology الحد الأدنى من PPA بنسبة 93.8 ٪ (95 ٪ CI 87.2-97.1) وكان تحليل Daan Gene 2019-nCoV اتفاقًا إجماليًا بنسبة 99.4 ٪ (95 ٪ CI 96.6-99.9).في المقابل ، كان الاتفاق العام بين مقايسة SARS-CoV-2 BGI ومقايسة Sansure Biotech 2019-nCoV 98.8٪ و 96.3٪ على التوالي (الجدول 2).
كان معامل كابا كوهين للاتفاق بين نتائج اختبار CRS و Abbott SARS-CoV-2 متسقًا تمامًا (K = 1.00).وبالمثل ، فإن قيم كابا كوهين التي اكتشفها Daan Gene 2019-nCoV و SARS-CoV-2 BGI و Sansure Biotech 2019-nCoV تتوافق أيضًا تمامًا مع CRS (K 0.925).في هذا التحليل المقارن ، أظهر اختبار chi-square (اختبار McNemar) أن نتائج اختبار Sansure Biotech 2019-nCoV كانت مختلفة اختلافًا كبيرًا عن نتائج CRS (ع = 0.031) (الجدول 2).
كما يظهر في الشكل.1 كانت النسبة المئوية لأقل قيمة Ct (أقل من 20 قيراطًا) لمقايسة Abbott SARS-CoV-2 (جين RdRp و N معًا) 87.6٪ وقيمة ORF1a / b للجين Ct لمقايسة Sansure Biotech 2019-nCoV أظهرت أن النسبة المئوية المنخفضة كانت قيمة Ct (<20 Ct) 50.3٪ وقيمة Ct العالية (36-40 Ct) كانت 3.2٪. 1 كانت النسبة المئوية لأقل قيمة Ct (أقل من 20 قيراطًا) لمقايسة Abbott SARS-CoV-2 (جين RdRp و N معًا) 87.6٪ وقيمة ORF1a / b للجين Ct لمقايسة Sansure Biotech 2019-nCoV أظهرت أن النسبة المئوية المنخفضة كانت قيمة Ct (<20 Ct) 50.3٪ وقيمة Ct العالية (36-40 Ct) كانت 3.2٪.كما يظهر في الشكل.1, процент наименьшего значения Ct (< 20 Ct) анализа Abbott SARS-CoV-2 (комбинированный ген RdRp и N) составил 87,6%, а значение Ct гена ORF1a/b анализа Sansure Biotech 2019-nCoV показало что процент низкого значения Ct (أقل من 20 قيراط) составлял 50،3٪، а высокое значение Ct (36-40 Ct) составляло 3،2٪. في الشكل 1 ، كانت النسبة المئوية لتحليل أدنى قيمة Ct (<20 Ct) لـ Abbott SARS-CoV-2 (الجين المدمج RdRp و N) 87.6٪ ، وأظهرت قيمة Ct لتحليل الجين ORF1a / b لـ Sansure Biotech 2019-nCoV أن النسبة المئوية لقيمة Ct المنخفضة (<20 Ct) تمثل 50.3 ٪ ، والقيمة العالية Ct (36-40 Ct) تمثل 3.2 ٪.如图 1 所示 ， أبوت SARS-CoV-2 检测 （结合 RdRp 和 N 基因） 最低 Ct 值 百分比 （<20 Ct） 为 87.6٪ ， Sansure Biotech 2019-nCoV 检测 的 ORF1a / b 基因 Ct 值 显示 低 Ct值 (<20 قيراط) 的 百分比 为 50.3٪ 高 قيراط 值 (36-40 قيراط) 的 百分比 为 3.2٪ كما هو مبين في الشكل 1 ، فإن أقل نسبة مئوية لقيمة Ct (أقل من 20 قيراطًا) لاختبار أبوت SARS-CoV-2 (مزيج من الجين RdRp و N) هي 87.6٪ ، قيمة الجين ORF1a / b Ct لاختبار Sansure Biotech 2019-nCoV يُظهر انخفاض نسبة Ct 值 (<20 Ct) 50.3٪ ، Ct 值 (36-40 Ct) 的 النسبة المئوية 3.2٪. Как показано на рисунке 1, анализ Abbott SARS-CoV-2 (сочетающий гены RdRp и N) имел самое низкое процентное значение Ct (< 20 Ct) в размере 87,6%, а значение Ct гена ORF1a/b в исследовании Sansure Biotech 2019 - Анализ nCoV показал низкий Ct. كما هو مبين في الشكل 1 ، كان اختبار Abbott SARS-CoV-2 (الذي يجمع بين جينات RdRp و N) أقل نسبة مئوية لقيمة Ct (أقل من 20 قيراطًا) عند 87.6٪ ، بينما كانت قيمة Ct لجين ORF1a / b في Sansure دراسة Biotech 2019 - أظهر تحليل nCoV انخفاض Ct. роцент значений (<20 قيراط) составил 50،3٪ ، а процент высоких значений Ct (36-40 Ct) составил 3،2٪. كانت النسبة المئوية للقيم (<20 قيراطًا) 50.3٪ ، وكانت النسبة المئوية للقيم المرتفعة (36-40 قيراطًا) 3.2٪.سجل اختبار Abbott SARS-CoV-2 B قيم Ct أعلى من 30. من ناحية أخرى ، في اختبار BGI SARS-CoV-2 ، كان للجين ORF1a / b قيمة Ct عالية (> 36 قيراط) كانت نسبة 4٪ (الشكل 1). من ناحية أخرى ، في اختبار BGI SARS-CoV-2 ، كان للجين ORF1a / b قيمة Ct عالية (> 36 قيراط) كانت نسبة 4٪ (الشكل 1). С другой стороны، в анализе BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a / b высокое значение Ct (> 36 Ct)، процент٪ 4 соторого. من ناحية أخرى ، في تحليل الجين BGI SARS-CoV-2 ، كان للجين ORF1a / b قيمة Ct عالية (> 36 قيراطًا) ، وكانت النسبة المئوية 4٪ (الشكل 1).另一方面 ， 在 BGI SARS-CoV-2 检测 中 ， ORF1a / b 基因 具有 高 Ct 值 （> 36 Ct） 的 百分比 为 4٪ （图 1）。 من ناحية أخرى ، في اكتشاف BGI SARS-CoV-2 ، فإن النسبة المئوية لجين ORF1a / b بقيمة Ct عالية (> 36 Ct) هي 4 ٪ (الشكل 1). С другой стороны ، в анализе BGI SARS-CoV-2 процент генов ORF1a / b стороны Ct (> 36 Ct) составил 4٪ (1٪). من ناحية أخرى ، في تحليل BGI SARS-CoV-2 ، كانت النسبة المئوية لجينات ORF1a / b ذات قيم Ct عالية (> 36 Ct) 4٪ (الشكل 1).
في هذه الدراسة ، أخذنا 164 عينة من البلعوم الأنفي.لجميع أنواع المقايسات ، تم إجراء عزل وتضخيم الحمض النووي الريبي باستخدام الطرق والمجموعات الموصى بها من قبل الشركات المصنعة المعنية.
أظهرت هذه الدراسة أن اختبار أبوت لـ SARS-CoV-2 له نفس أداء الكشف مثل CRS ، مع توافق إيجابي وسلبي وشامل بنسبة 100٪.اتفاقية كوهين كابا هي 1.00 ، مما يشير إلى اتفاق كامل مع CRS.وجدت دراسة مماثلة أجرتها جامعة واشنطن في الولايات المتحدة أن الحساسية الشاملة وخصوصية اختبار أبوت لـ SARS-CoV-2 كانت 93٪ و 100٪ على التوالي ، مقارنةً بالمقايسة المحددة في المختبر (LDA) لمراكز مكافحة الأمراض والوقاية منها (CDC). .11. يعتمد نظام اكتشاف Abbott SARS-CoV-2 على الاكتشاف المشترك المتزامن للجينات N و RdRp ، حيث أن كلا الجينين أكثر حساسية ، مما يقلل من السلبيات الزائفة.أظهرت دراسة أجريت في فيينا ، النمسا أيضًا أن أحجام عينات الاستخراج الكبيرة وأحجام الكشف الكبيرة قللت من تأثيرات التخفيف وزيادة كفاءة الكشف.وبالتالي ، يمكن ربط مطابقة أبوت المثالية لمقايسة SARS-CoV-2 بنظام الكشف عن المنصة الذي يكتشف في نفس الوقت الجينات التوافقية ، ويستخرج عددًا كبيرًا من العينات (0.5 مل) ، ويستخدم كمية كبيرة من eluent (40 ميكرولتر).
أظهرت نتائجنا أيضًا أن أداء الكشف عن اختبار Daan الجيني كان تقريبًا نفس أداء CRS.يتوافق هذا مع دراسة أجريت في جامعة آنهوي في هواينان بالصين ، ومع مطالبة الشركة المصنعة بموافقة إيجابية بنسبة 100٪.على الرغم من تقارير النتائج المتسقة ، كانت عينة واحدة سلبية كاذبة بعد إعادة اختبار نفس الشذبة ، لكنها كانت إيجابية في مقايسات Abbott SARS-CoV-2 و Sansure Biotech nCoV-2019.يشير هذا إلى أنه قد يكون هناك تباين في النتائج عبر أنواع مختلفة من المقايسات. ومع ذلك ، في الدراسة التي أجريت في الصين ، كانت نتيجة مقايسة Daan Gene مختلفة بشكل كبير (p <0.05) مقارنةً بالمقايسة المرجعية المحددة في المختبر. ومع ذلك ، في الدراسة التي أجريت في الصين ، كانت نتيجة مقايسة Daan Gene مختلفة بشكل كبير (p <0.05) مقارنةً بالمقايسة المرجعية المحددة في المختبر. ем не менее، в иследовании، проведенном в итае15، результат анализа Daan Gene значительно отличально (отличально). ومع ذلك ، في دراسة أجريت في الصين ، كانت نتيجة تحليل Daan Gene مختلفة بشكل كبير (P <0.05) عن التحليل المرجعي المختبر.然而 ， 在 中国 进行 的 研究 中 15 ， 大安 基因 检测 的 结果 与其 实验室 定义 检测 相比 着 差异 （p <0.05）。然而 ， 在 中国 进行 的 研究 中 15 ， 大安 基因 检测 的 结果 与其 实验室 定义 的 参考 检测 相比 有 显 着 差 <0.05 Однако в исследовании, проведенном в Китае15, результаты генетического теста Daan значительно отличались (p < 0,05) по сравнению с его эталонным лабораторным тестом. ومع ذلك ، في دراسة أجريت في الصين ، كانت نتائج الاختبار الجيني لدان مختلفة بشكل كبير (P <0.05) مقارنة باختبار المختبر المرجعي.قد يكون هذا التناقض بسبب حساسية الاختبار المرجعي للكشف عن SARS-CoV-2 ، وقد تكون الدراسات الإضافية مهمة لتحديد السبب.
بالإضافة إلى ذلك ، قيمت دراستنا الأداء المقارن لمقايسة SARS-CoV-2 BGI مع CRS ، وأظهرت اتفاق النسبة الإيجابية الممتازة (PPA = 97.9٪) ، واتفاق النسبة المئوية السلبية (NPA = 100٪) ، واتفاق النسبة الإجمالية حسب الجنس ( OPA).).= 98.8٪).أظهرت قيم كابا كوهين توافقًا جيدًا (K = 0.975).أظهرت الدراسات التي أجريت في هولندا 16 والصين نتائج متسقة.اختبار SARS-CoV-2 BGI هو اختبار الكشف عن الجين الفردي (ORF1a / b) باستخدام شطف تضخيم / كشف بمقدار 10 ميكرولتر.بالرغم من التوافق الإحصائي الجيد مع نتائجنا المرجعية إلا أن التحليل غاب عن عينتين موجبتين (1.22٪) من العينة الكلية.يمكن أن يكون لهذا آثار إكلينيكية ضخمة على ديناميكيات الانتقال على مستوى المريض والمجتمع.
كان التحليل المقارن الآخر المتضمن في هذه الدراسة هو اختبار Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO) ؛كانت نسبة المطابقة الإجمالية 96.3٪.تم تحديد قوة الاتفاق أيضًا من خلال قيمة Kappa لكوهين ، والتي كانت 0.925 ، مما يشير إلى الاتفاق الكامل مع CRS.مرة أخرى ، نتائجنا مطابقة للدراسات التي أجريت في جامعة سنترال ساوث في تشانغشا ، الصين ، وفي قسم المختبر السريري في مستشفى ليوتشو الشعبي ، مدينة ليوتشو ، الصين 17. على الرغم من تسجيل التوافق الإحصائي الجيد أعلاه ، أظهر اختبار خي مربع (اختبار MacNemar) أن نتيجة اختبار Sansure Biotech كان لها فرق معتد به إحصائيًا مقارنة بـ CRS (p <0.005). على الرغم من تسجيل التوافق الإحصائي الجيد أعلاه ، أظهر اختبار خي مربع (اختبار MacNemar) أن نتيجة اختبار Sansure Biotech كان لها فرق معتد به إحصائيًا مقارنة بـ CRS (p <0.005). Несмотря на то, что было зафиксировано указанное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Макнемара) показал, что результат анализа Sansure Biotech имеет статистически значимое различие по сравнению с CRS (p < 0,005). على الرغم من تسجيل الاتفاق الإحصائي الجيد أعلاه ، أظهر اختبار خي مربع (اختبار McNemar) أن نتيجة مقايسة Sansure Biotech كان لها فرق معتد به إحصائيًا مقارنة بـ CRS (p <0.005).尽管 记录 了 上述 良好 的 统计 一致性 ， 但 卡 方 检验 MacNemar 检验） 表明 ， سانسور للتكنولوجيا الحيوية 检测 的 结果 与 CRS 相比 具有 统计学 显 着 差异 （p <0.005）。尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 （（macnemar 检验 表明 ， ， sansure biotech 检测 结果 与 crs 相比 具有 显 着 p <0.005 。。。）））） Несмотря на отмеченное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Макнемара) показал статистически значимую разницу (p < 0,005) между анализом Sansure Biotech и CRS. على الرغم من الاتفاق الإحصائي الجيد المشار إليه أعلاه ، أظهر اختبار خي مربع (اختبار McNemar) فرقًا ذا دلالة إحصائية (P <0.005) بين مقايسة Sansure Biotech و CRS.تم العثور على ست عينات (3.66 ٪) لتكون سلبية كاذبة مقارنة CRS (الجدول التكميلي 1) ؛هذا مهم للغاية ، لا سيما بالنظر إلى ديناميكيات انتقال الفيروس.تدعم البيانات المذكورة أعلاه أيضًا معدل الكشف المنخفض هذا.
في هذه الدراسة ، تم تحديد قيم Ct لكل اختبار ومنصة ذات صلة ، مع أدنى قيمة متوسط ​​Ct تم الإبلاغ عنها في مقايسة Abbott SARS-CoV-2.قد تكون هذه النتيجة مرتبطة بنظام الاختبارات الجينية المتزامن المتزامن الخاص بشركة Abbott للكشف عن SARS-CoV-2.لذلك ، وفقًا للشكل 1 ، كان 87.6٪ من نتائج Abbott SARS-CoV-2 ذات قيم Ct أقل من 20. وكان عدد قليل فقط من نتائج العينات (12.4٪) في نطاق 20-30.لم يتم تسجيل قيم Ct فوق 30.بالإضافة إلى استخدام شركة أبوت لتنسيق الاختبار الجيني للوحة SARS-CoV-2 ، قد تكون هذه النتيجة مرتبطة بحد الكشف الأدنى (32.5 نسخة من الحمض النووي الريبي / مل) 18 ، وهو أقل بثلاث مرات من الحد الأدنى للشركة وهو 100 نسخة من الحمض النووي الريبي / مل.مل) 19.
هذه الدراسة لها بعض القيود: أولاً ، ليس لدينا طرق معيارية / مرجعية [مثل الحمل الفيروسي أو الاختبارات المعملية الأخرى (LDA)] بسبب نقص الموارد.ثانيًا ، كانت جميع العينات المستخدمة في هذه الدراسة عبارة عن مسحات بلعومية ، بينما لم تكن النتائج قابلة للتطبيق على أنواع العينات الأخرى ، وثالثًا ، كان حجم العينة صغيرًا.
قارنت هذه الدراسة أداء أربعة فحوصات rRT-PCR لـ SARS-CoV-2 باستخدام عينات البلعوم الأنفي.كان لجميع فحوصات الكشف أداء مشابه تقريبًا ، باستثناء اختبار Sansure Biotech. إلى جانب ذلك ، تم تحديد معدل الإيجابية المنخفضة في مقايسة Sansure Biotech مقارنة بـ CRS (p <0.05). إلى جانب ذلك ، تم تحديد معدل الإيجابية المنخفضة في مقايسة Sansure Biotech مقارنة بـ CRS (p <0.05). роме того، в тесте Sansure Biotech был выявлен низкий процент положительных результатов по сравнению <0،0 с CRS). بالإضافة إلى ذلك ، أظهر اختبار Sansure Biotech نسبة منخفضة من النتائج الإيجابية مقارنة بـ CRS (p <0.05).此外 ， 与 CRS 相比 ， Sansure Biotech 检测 的 阳性 率 较低 (p <0.05)。此外 ， 与 CRS 相比 ， Sansure Biotech 检测 的 阳性 率 较低 (p <0.05)。 роме того، анализ Sansure Biotech имел более низкий уровень положительных результатов по сравнению с05 (p. بالإضافة إلى ذلك ، كان لمقايسة Sansure Biotech معدل إيجابية أقل مقارنةً بـ CRS (p <0.05).تجاوز تحليل Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) لاتفاقية PPA و NPA والاتفاق العام 93.5٪ مع قوة اتفاق Cohen Kappa بقيمة 0.925.أخيرًا ، يحتاج Sansure Biotech Assay (RUO) إلى مزيد من التحقق من الصحة للاستخدام في إثيوبيا ، وينبغي النظر في إجراء بحث إضافي لتقييم المطالبات من الشركات المصنعة الفردية.
تم إجراء تصميم دراسة مقارنة في أربعة مرافق صحية في أديس أبابا ، ومستشفى إيكا كوتيبي ، ومركز علاج كنيسة الألفية ، ومستشفى زيوديتو التذكاري ، ومستشفى سانت بيتر التخصصي لمرض السل.تم جمع البيانات بين 1 و 31 كانون الأول (ديسمبر) 2020. وقد تم اختيار المرافق الطبية لهذه الدراسة بشكل هادف بناءً على العدد الكبير من الحالات وتوافر مراكز العلاج الرئيسية في المدينة.وبالمثل ، تم اختيار الأدوات ، بما في ذلك أجهزة ABI 7500 و Abbott m2000 في الوقت الحقيقي PCR ، وفقًا لتوصيات مصنعي كاشف NAAT ، وتم اختيار أربع مجموعات للكشف عن PCR لهذه الدراسة ، حيث استخدمت معظم المعامل في إثيوبيا على الأقل اربعة منهم.اختبار الجينات واختبار Abbott SARS-CoV-2 واختبار Sansure Biotech واختبار SARS-CoV-2 BGI الذي تم إجراؤه أثناء الدراسة).
تم إجراء اختبار SARS-CoV-2 في الفترة من 1 إلى 30 ديسمبر 2020 باستخدام 3 مل من وسط النقل الفيروسي (VTM) (Miraclean Technology ، Shenzhen ، الصين) من الأفراد قيد التحقيق لـ COVID-19 المشار إليهم بـ EPHI.تم جمع عينات البلعوم الأنفي من قبل جامعي العينات المدربين وإرسالها إلى EPHI في عبوات ثلاثية.قبل عزل الحمض النووي ، يتم تعيين رقم تعريف فريد لكل عينة.يتم الاستخراج من كل عينة فور وصولها باستخدام طرق الاستخراج اليدوية والآلية.وبالتالي ، من أجل الاستخراج التلقائي لـ Abbott m2000 ، تم استخراج 1.3 مل (بما في ذلك 0.8 مل من الحجم الميت وحجم مدخل الاستخراج 0.5 مل) من كل عينة وتمريرها من خلال نظام تحضير عينة DNA Abbott (Abbott Molecular Inc. des Plaines ، IL ، الولايات المتحدة الأمريكية).) تم تضمين مجموعة من 96 [92 عينة ، واثنين من عناصر التحكم في الكشف واثنين من عناصر التحكم غير النموذجية (NTC)] في العملية الشاملة (الاسترجاع والكشف) لجولتين من SARS-CoV-2 (EUA) في الوقت الفعلي.التعدين.وبالمثل ، بالنسبة للاستخراج اليدوي ، استخدم نفس العينات (للاستخراج والاكتشاف التلقائي).وهكذا ، طوال العملية ، تم اقتطاع 140 عينة ميكرولتر واستخراجها باستخدام QIAamp Viral RNA Mini Kit (QIAGEN GmbH ، Hilden ، ألمانيا) على دفعات من 24 (بما في ذلك 20 عينة ، واثنين من ضوابط الفحص واثنين من NTCs) على مدى تسع جولات.تم تضخيم الوصلات المستخرجة يدويًا واكتشافها باستخدام جهاز تدوير حراري ABI 7500 باستخدام مقايسة SARS-CoV-2 BGI ومقايسة Daan Gene ومقايسة Sansure Biotech.
يتبع العزل والتنقية الآليين للحمض النووي الريبي الفيروسي SARS-CoV-2 مبدأ الخرزة المغناطيسية باستخدام كواشف تحضير عينة أبوت DNA.يتم تعطيل العينات وإذابة الجزيئات الفيروسية باستخدام منظف يحتوي على غوانيدين أيزوثيوسيانات لتفسد البروتين وتعطيل RNase.يتم بعد ذلك فصل الحمض النووي الريبي عن البروتين عن طريق فصل الطور الصلب باستخدام السيليكا ، أي أن ملح الغوانيدينيوم ودرجة الحموضة القلوية للعازل التحلل يعزز ارتباط الأحماض النووية بالسيليكا (SiO2).تقوم خطوة الشطف بإزالة البروتينات المتبقية والحطام لإنتاج محلول صافٍ.يتم عزل الحمض النووي الريبي الشفاف من الجسيمات الدقيقة القائمة على السيليكا باستخدام المجال المغناطيسي للأداة.من ناحية أخرى ، يتم إجراء العزل اليدوي وتنقية الحمض النووي الريبي باستخدام طريقة عمود الدوران باستخدام الطرد المركزي بدلاً من الحامل المغناطيسي وفصل الجسيمات الدقيقة عن الشطف.
تم إجراء اختبار اكتشاف SARS-CoV-2 في الوقت الفعلي (Abbott Molecular ، Inc.) وفقًا لتعليمات الشركة المصنعة ، والتي تلقت EUA19،22 من منظمة الصحة العالمية وإدارة الغذاء والدواء.في هذا البروتوكول ، تم إجراء تعطيل العينة قبل الاستخراج في حمام مائي عند 56 درجة مئوية لمدة 30 دقيقة.بعد تثبيط الفيروس ، تم إجراء استخراج الحمض النووي على أداة Abbott m2000 SP من 0.5 مل VTM باستخدام نظام تحضير عينة DNA Abbott m2000.حسب الشركة المصنعة.تم إجراء التضخيم والكشف باستخدام أداة Abbott m2000 RT-PCR ، وتم إجراء اكتشاف مزدوج لجينات RdRp و N.ROX) و VIC P (صبغة خاصة) لاستهداف واكتشاف الضوابط الداخلية ، مما يسمح بالكشف المتزامن لكلا منتجي التضخيم 19.
تعتمد طريقة الكشف عن التضخيم لهذه المجموعة على تقنية RT-PCR من خطوة واحدة.تم اختيار جينات ORF1a / b و N كمناطق محمية بواسطة Daan Gene Technology لاكتشاف تضخيم المنطقة المستهدفة.تم تصميم الاشعال المحدد وتحقيقات الفلورسنت (تحقيقات الجينات N المسمى بـ FAM ، تحقيقات ORF1a / b المسمى بـ VIC) لاكتشاف SARS-CoV-2 RNA في العينات.تم تحضير الخلطات النهائية والماجستير بإضافة 5 ميكرولتر من eluent إلى 20 ميكرولتر من الخليط الرئيسي إلى الحجم النهائي 25 ميكرولتر.تم إجراء التضخيم والكشف في وقت واحد على أداة PCR في الوقت الفعلي ABI 750024.
تم اكتشاف جينات ORF1a / b و N باستخدام مجموعة تشخيص الأحماض النووية Sansure Biotech nCoV-2019 (اكتشاف PCR الفلوري).قم بإعداد تحقيقات محددة لكل جين مستهدف عن طريق اختيار قناة FAM لمنطقة ORF1a / b وقناة ROX للجين N.إلى مجموعة الفحص هذه ، تمت إضافة كواشف eluent و master mix على النحو التالي: تحضير 30 ميكرولتر من كاشف المزيج الرئيسي و 20 ميكرولتر عينة مزلقة للكشف / التضخيم.تم استخدام PCR ABI 750025 في الوقت الحقيقي للتضخيم / الكشف.
اختبار SARS-CoV-2 BGI عبارة عن مجموعة rRT-PCR الفلورية في الوقت الفعلي لتشخيص COVID-19.تقع المنطقة المستهدفة في منطقة ORF1a / b من جينوم SARS-CoV-2 ، وهي طريقة واحدة للكشف عن الجينات.بالإضافة إلى ذلك ، فإن جين بيتا-أكتين التدبير المنزلي البشري هو جين مستهدف منظم داخليًا.يتم تحضير المزيج الرئيسي عن طريق خلط 20 ميكرولتر من كاشف المزيج الرئيسي و 10 ميكرولتر من عينة الحمض النووي الريبي المستخرجة في لوحة البئر.تم استخدام أداة تفاعل البوليميراز المتسلسل في الوقت الحقيقي الكمي ABI 7500 للتضخيم والكشف.تم إجراء كل تضخيم الحمض النووي وظروف تشغيل PCR لكل مقايسة وتفسير النتائج وفقًا لتعليمات الشركة المصنعة المعنية (الجدول 3).
في هذا التحليل المقارن ، لم نستخدم الطريقة المعيارية المرجعية لتحديد توافق النسبة المئوية (إيجابي ، سلبي ، شامل) ومعايير المقارنة الأخرى للتحليلات الأربعة.تم إجراء كل مقارنة اختبار مع CRS ، في هذه الدراسة تم تعيين CRS بواسطة قاعدة "أي إيجابية" وتم تحديد النتيجة ، وليس عن طريق اختبار واحد ، استخدمنا نتيجتي اختبار متطابقتين على الأقل.بالإضافة إلى ذلك ، في حالة انتقال COVID-19 ، تكون النتائج السلبية الخاطئة أكثر خطورة من النتائج الإيجابية الكاذبة.لذلك ، لقول "إيجابية" بأكبر قدر ممكن من الدقة من نتيجة CRS ، يجب أن يكون اختباران للمقايسة إيجابيين ، مما يعني أنه من المحتمل أن تأتي نتيجة إيجابية واحدة على الأقل من اختبار EUA.وبالتالي ، من أصل أربعة نتائج اختبار ، تعتبر اثنتان أو أكثر من نتائج الاختبار التي تعطي نفس النتيجة إيجابية أو سلبية حقيقية.
تم جمع البيانات باستخدام نماذج استخلاص البيانات المنظمة ، وتم إجراء إدخال وتحليل البيانات باستخدام برنامج Excel الإحصائي والإصدار 23.0 من SPSS للإحصاءات الوصفية.تم تحليل توافق النسبة المئوية الإيجابية والسلبية والشاملة ، وتم استخدام درجة Kappa لتحديد درجة توافق كل طريقة مع CRS.يتم تفسير قيم Kappa على النحو التالي: 0.01 إلى 0.20 للاتفاق المعتدل ، 0.21 إلى 0.40 للاتفاق العام ، 0.41-0.60 للاتفاق المتوسط ​​، 0.61-0.80 للاتفاق الرئيسي و 0.81-0.99 للاتفاق الكامل.
تم الحصول على الموافقة الأخلاقية من جامعة أديس أبابا وتمت الموافقة على جميع البروتوكولات التجريبية لهذه الدراسة من قبل مجلس مراجعة الأخلاقيات العلمية التابع لمعهد الصحة العامة الإثيوبي.الرقم المرجعي لترخيص EPHI Ethics هو EPHI / IRB-279-2020.تم تطبيق جميع الأساليب وفقًا لتوصيات وأحكام المبادئ التوجيهية الوطنية الإثيوبية الشاملة لعلاج COVID-19.بالإضافة إلى ذلك ، تم الحصول على موافقة خطية مستنيرة من جميع المشاركين في الدراسة قبل المشاركة في الدراسة.
تم تضمين جميع البيانات التي تم الحصول عليها أو تحليلها في هذه الدراسة في هذه المقالة المنشورة.البيانات التي تدعم نتائج هذه الدراسة متاحة من المؤلف المعني بناءً على طلب معقول.
منظمة الصحة العالمية.توصيات لاستراتيجيات الاختبارات المعملية لـ COVID-19: إرشادات مؤقتة ، 21 مارس 2020 رقم WHO / 2019-nCoV / lab_testing / 2020.1 (WHO، 2020).
Mouliou ، DS ، Pantazopoulos ، I. & Gourgoulianis ، التشخيص الذكي KI COVID-19 في قسم الطوارئ: الكل في الممارسة. Mouliou ، DS ، Pantazopoulos ، I. & Gourgoulianis ، التشخيص الذكي KI COVID-19 في قسم الطوارئ: الكل في الممارسة.Muliou و DS و Pantazopoulos و I. و Gurgulianis و KI التشخيص الذكي لـ COVID-19 في قسم الطوارئ: كل شيء عمليًا.Muliou DS و Pantazopoulos I. و Gurgulyanis KI التشخيص الذكي لـ COVID-19 في أقسام الطوارئ: التكامل التام في الممارسة العملية.القس الخبير Respire.دواء.3 ، 263-272 (2022).
Mitchell، SL & St George، K. تقييم اختبار COVID19 ID NOW EUA. Mitchell، SL & St George، K. تقييم اختبار COVID19 ID NOW EUA.Mitchell، SL and St. George، K. تقييم اختبار COVID19 ID NOW EUA.Mitchell SL و St. George K. تقييم مقايسة COVID19 ID NOW EUA.J. السريرية.فايروس.128 ، 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
من الذى.الكشف المختبري عن مرض فيروس كورونا 2019 (COVID-19) في الأمراض البشرية المشتبه بها.https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (تم الوصول إليه في 15 أغسطس 2020) (منظمة الصحة العالمية ، 2020).
أودوغاما ، ب وآخرون.تشخيص COVID-19: الأمراض وأدوات الاختبار.ACS نانو 14 (4) ، 3822-3835 (2020).
سيد س وآخرون.إنشاء كلية علماء الأمراض في شرق ووسط وجنوب إفريقيا - المدرسة الإقليمية لعلم الأمراض في الشرق الأوسط وجنوب إفريقيا.أفريقيا.مختبر J.دواء.9 (1) ، 1-8 (2020).
المعهد الإثيوبي للصحة العامة ، وزارة الصحة الاتحادية.الإستراتيجية والتوجيهات الوطنية المؤقتة للتشخيص المختبري لـ COVID-19.https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (تم الوصول إليه في 12 أغسطس 2020) (EPHI ، 2020).
Woloshin ، S. ، Patel ، N. & Kesselheim ، AS اختبارات سلبية كاذبة لتحديات وآثار عدوى SARS-CoV-2. Woloshin ، S. ، Patel ، N. & Kesselheim ، AS اختبارات سلبية كاذبة لتحديات وآثار عدوى SARS-CoV-2.Voloshin S. و Patel N. و Kesselheim AS اختبارات سلبية كاذبة لعدوى SARS-CoV-2 وعواقبها.Voloshin S. و Patel N. و Kesselheim AS اختبارات سلبية كاذبة للاستفزاز وتأثير عدوى SARS-CoV-2.N. eng.J. الطب.383 (6) ، إي 38 (2020).
Mouliou، DS & Gourgoulianis، KI حالات COVID-19 الإيجابية الكاذبة والسلبية الكاذبة: استراتيجيات الوقاية من الجهاز التنفسي وإدارته ، والتطعيم ، ووجهات نظر أخرى. Mouliou، DS & Gourgoulianis، KI حالات COVID-19 الإيجابية الكاذبة والسلبية الكاذبة: استراتيجيات الوقاية من الجهاز التنفسي وإدارته ، والتطعيم ، ووجهات نظر أخرى. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Ложноположительные и ложноотрицательные случаи COVID-19: респираторная профилактика и стратегии лечения, вакцинация и дальнейшие перспективы. Mouliou، DS & Gourgoulianis، KI الحالات الإيجابية الكاذبة والسلبية الكاذبة لـ COVID-19: الوقاية التنفسية واستراتيجيات العلاج والتطعيم والمضي قدمًا.Muliu و DS و Gurgulianis و KI الحالات الإيجابية الكاذبة والسلبية الكاذبة لـ COVID-19: استراتيجيات الوقاية والعلاج التنفسي والتطعيم والمضي قدمًا.القس الخبير Respire.دواء.15 (8) ، 993-1002 (2021).
Mouliou ، DS ، Ioannis ، P. & Konstantinos ، G. تشخيص COVID-19 في قسم الطوارئ: رؤية الشجرة ولكن تفقد الغابة. Mouliou ، DS ، Ioannis ، P. & Konstantinos ، G. تشخيص COVID-19 في قسم الطوارئ: رؤية الشجرة ولكن تفقد الغابة.Mouliou ، DS ، Ioannis ، P. and Konstantinos ، G. COVID-19 التشخيص في قسم الطوارئ: انظر إلى الشجرة ، تفقد الغابة.Muliou DS و Ioannis P. و Konstantinos G. تشخيص COVID-19 في غرف الطوارئ: غابة غير كافية للأشجار.يظهر.دواء.https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli، E. et al.التحقق من صحة الأداء التحليلي والسريري لمقايسة Abbott RealTime SARS-CoV-2 والتحقق من صحتها.J. السريرية.فايروس.129، 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei، HR، Afshar، AA، Kalantar-Neyestanaki، D.، Fazlalipour، M. & Aflatoonian، B. مقارنة خمس مجموعات أولية من منطقة جينوم مختلفة لـ COVID-19 للكشف عن عدوى الفيروس عن طريق RT-PCR التقليدي. Mollaei، HR، Afshar، AA، Kalantar-Neyestanaki، D.، Fazlalipour، M. & Aflatoonian، B. مقارنة بين خمس مجموعات أولية من مناطق جينوم مختلفة من COVID-19 للكشف عن عدوى الفيروس عن طريق RT-PCR التقليدي.Mollaei، HR، Afshar، AA، Kalantar-Neyestanaki، D.، Fazlalipour، M. and Aflatunyan، B. مقارنة بين خمس مجموعات من البادئات من مناطق مختلفة من جينوم COVID-19 للكشف عن العدوى الفيروسية بواسطة RT-PCR التقليدي. Mollaei، HR، Afshar، AA، Kalantar-Neyestanaki، D.، Fazlalipour، M. & Aflatoonian، B. 比较 来自 COVID-19 不同 基因 组 区域 的 五个 引 物 组 ， 用于 通过 常规 RT-PCR 检测 病毒 感染。 Mollaei، HR، Afshar، AA، Kalantar-Neyestanaki، D.، Fazlalipour، M. & Aflatoonian، B. مقارنة 5 مناطق وراثية مختلفة لـ COVID-19 للكشف عن العدوى الفيروسية بواسطة RT-PCR التقليدي.Mollaei HR و Afshar AA و Kalantar-Neyestanaki D و Fazlalipour M. و Aflatunyan B. مقارنة بين خمس مجموعات من البادئات من مناطق مختلفة من جينوم COVID-19 للكشف عن العدوى الفيروسية بواسطة RT-PCR التقليدي.إيران.J. علم الأحياء الدقيقة.12 (3) ، 185 (2020).
جورتزر ، آي وآخرون.النتائج الأولية للبرنامج الوطني لتقييم الجودة الخارجية للكشف عن تسلسل جينوم SARS-CoV-2.J. السريرية.فايروس.129، 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
وانج م وآخرون.التقييم التحليلي لفعالية خمس مجموعات RT-PCR لفيروس كورونا المتلازمة التنفسية الحادة الوخيمة 2. J. السريرية.مختبر.فتحة الشرج.35 (1) ، e23643 (2021).
وانغ ب وآخرون.تقييم سبع مجموعات متاحة تجارياً للكشف عن SARS-CoV-2 RNA في الصين بناءً على تفاعل البوليميراز المتسلسل في الوقت الفعلي (PCR).مرضي.المواد الكيميائية.مختبر.دواء.58 (9) ، e149-e153 (2020).
فان كاستيرن ، بي بي وآخرون.مقارنة بين سبع مجموعات تشخيصية تجارية لـ RT-PCR COVID-19.J. السريرية.فايروس.128 ، 104412 (2020).
لو ، يو ، وآخرون.مقارنة الأداء التشخيصي لمجموعتي PCR للكشف عن الأحماض النووية SARS-CoV-2.J. السريرية.مختبر.فتحة الشرج.34 (10) ، e23554 (2020).
Lefart ، PR ، إلخ. أظهرت دراسة مقارنة لأربع منصات اختبار تضخيم الحمض النووي SARS-CoV-2 (NAAT) أن أداء ID NOW قد تدهور بشكل كبير اعتمادًا على المريض ونوع العينة.تشخبص.علم الاحياء المجهري.تصيب.ديس.99 (1) ، 115200 (2021).
جزيء أبوت.إدراج حزمة تحليل SARS-CoV-2 في الوقت الحقيقي من Abbott.https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2- التحليل.1-12.(اعتبارًا من 10 أغسطس 2020) (2020).
كلاين ، إس وآخرون.عزل SARS-CoV-2 RNA باستخدام الخرزات المغناطيسية للكشف السريع على نطاق واسع بواسطة RT-qPCR و RT-LAMP.فيروس 12 (8) ، 863 (2020).