أداء أربعة فحوصات لتضخيم الحمض النووي لتحديد السارس-CoV-2 في إثيوبيا

شكرا لكم لزيارة Nature.com. أنت تستخدم إصدار متصفح مع دعم محدود لـ CSS. للحصول على أفضل تجربة، نوصي باستخدام متصفح محدث (أو تعطيل وضع التوافق في Internet Explorer). بالإضافة إلى ذلك، ولضمان الدعم المستمر، نعرض الموقع بدون أنماط وجافا سكريبت.
يعرض دائريًا مكونًا من ثلاث شرائح في وقت واحد. استخدم الزرين السابق والتالي للتنقل عبر ثلاث شرائح في المرة الواحدة، أو استخدم أزرار التمرير الموجودة في النهاية للتنقل عبر ثلاث شرائح في المرة الواحدة.
منذ تفشي مرض فيروس كورونا (كوفيد-19) عام 2019، تم تطوير العديد من اختبارات تضخيم الحمض النووي التجارية (NAATs) في جميع أنحاء العالم وأصبحت فحوصات قياسية. على الرغم من أنه تم تطوير العديد من الاختبارات بسرعة وتطبيقها على الاختبارات التشخيصية المعملية، إلا أنه لم يتم تقييم أداء هذه الاختبارات في مجموعة متنوعة من الإعدادات. لذلك، تهدف هذه الدراسة إلى تقييم أداء فحوصات Abbott SARS-CoV-2 وDaan Gene وBGI وSansure Biotech باستخدام المعيار المرجعي المركب (CRS). أُجريت الدراسة في معهد الصحة العامة الإثيوبي (EPHI) في الفترة من 1 إلى 30 ديسمبر 2020. وتم استخراج 164 عينة من البلعوم الأنفي باستخدام مجموعة QIAamp RNA المصغرة ونظام تحضير عينة DNA من Abbott. من بين 164 عينة، كانت 59.1% منها إيجابية و40.9% سلبية بالنسبة لـ CRS. كانت إيجابية Sansure Biotech منخفضة بشكل ملحوظ مقارنة بـ CRS (P <0.05). كانت إيجابية Sansure Biotech منخفضة بشكل ملحوظ مقارنة بـ CRS (P <0.05). كانت النتائج الإيجابية لشركة Sansure Biotech جيدة جدًا وفقًا لـ CRS (p <0,05). وكانت النتائج الإيجابية لشركة Sansure Biotech أقل بكثير مقارنة بـ CRS (P <0.05).تم اختبار CRS بواسطة شركة Sansure Biotech.تم اختبار CRS بواسطة شركة Sansure Biotech. تم تصميم شركة Sansure Biotech من خلال نتائج أفضل مع CRS (P <0,05). حصلت شركة Sansure Biotech على نتائج إيجابية أقل بكثير مقارنةً بـ CRS (P <0.05).وكان الاتفاق العام للتحليلات الأربعة 96.3-100٪ مقارنة بـ CRS. بالإضافة إلى المعدل الإيجابي المنخفض لفحص Sansure Biotech، كان أداء الاختبارات الأربعة مشابهًا تقريبًا. على هذا النحو، يتطلب اختبار Sansure Biotech [البحث فقط (RUO)] التحقق الإضافي لاستخدامه في إثيوبيا. وأخيرا، ينبغي النظر في إجراء بحوث إضافية لتقييم المقايسات مع مطالبات الشركة المصنعة المناسبة.
تعد الاختبارات المعملية جزءًا من الخطة الإستراتيجية لمنظمة الصحة العالمية (WHO) للتأهب والاستجابة لمرض فيروس كورونا 2019 (COVID-19) (SPRP). وتنصح منظمة الصحة العالمية بأن تقوم البلدان ببناء القدرات المختبرية لتحسين التأهب والإدارة السليمة للحالات واليقظة والاستجابة السريعة لتحديات الصحة العامة. ويشير هذا إلى أن دور المختبر أساسي في توصيف المرض وبائيات العوامل المعدية الناشئة والسيطرة على انتشارها.
يتطلب تشخيص مرض كوفيد-19 المعلومات الوبائية والطبية، والأعراض/العلامات الشخصية، والبيانات الشعاعية والمخبرية. منذ الإبلاغ عن تفشي فيروس كورونا (COVID-19) في ووهان، الصين، تم تطوير العديد من اختبارات تضخيم الحمض النووي التجارية (NAATs) حول العالم. تم استخدام تفاعل البوليميراز المتسلسل للنسخ العكسي في الوقت الحقيقي (rRT-PCR) كطريقة روتينية ومعيارية للتشخيص المختبري لعدوى المتلازمة التنفسية الحادة الوخيمة 2 (SARS-CoV-2)3. يعتمد الكشف الجزيئي لـ SARS-CoV-2 عادةً على جينات N (جين بروتين القفيصة النووية)، وE (جين بروتين المغلف)، وRdRp (جين بوليميريز RNA المعتمد على RNA) في ORF1a/b (إطار القراءة المفتوح 1a/b). . الجين) المنطقة المحددة من الجينوم الفيروسي. وهي تعتبر المناطق المحفوظة الرئيسية الموجودة في الجينومات الفيروسية للتعرف على الفيروسات . ومن بين هذه الجينات، تتمتع جينات RdRp وE بحساسية عالية للكشف التحليلي، بينما يتمتع الجين N بحساسية تحليلية منخفضة.
قد يختلف أداء فحوصات PCR اعتمادًا على عوامل مختلفة مثل: كواشف الاستخلاص، وكواشف التضخيم/الكشف، وطريقة الاستخلاص، وجودة جهاز PCR والأدوات الأخرى. اعتبارًا من أبريل 2020، حصل أكثر من 48 جهازًا تشخيصيًا مختلفًا من تسع دول على ترخيص الاستخدام في حالات الطوارئ (EUA) لتشخيصات كوفيد-196. في إثيوبيا، يتم استخدام أكثر من 14 منصة PCR في الوقت الحقيقي للكشف عن PCR لـ SARS-CoV-2 في 26 مؤسسة صحية عامة، بما في ذلك ABI 7500 وAbbott m2000 وRoche 48000 وQuant-studio7. بالإضافة إلى ذلك، تتوفر العديد من مجموعات اختبار PCR، مثل اختبار Daan Gene، واختبار Abbott SARS-CoV-2، واختبار Sansure Biotech، واختبار SARS-CoV-2 BGI. على الرغم من أن اختبار تفاعل البوليميراز المتسلسل (rRT-PCR) حساس للغاية، إلا أن بعض المرضى المصابين بكوفيد-19 أبلغوا عن نتائج سلبية كاذبة بسبب عدم وجود نسخ كافية من الحمض النووي الفيروسي (RNA) في العينات بسبب سوء الجمع والنقل والتخزين والمناولة والاختبارات المعملية. ظروف وتصرفات الموظفين8. بالإضافة إلى ذلك، يمكن أن يؤدي سوء التعامل مع العينة أو المجموعة الضابطة، وإعداد عتبة الدورة (Ct)، والتفاعل المتبادل مع الأحماض النووية المسببة للأمراض الأخرى أو RNA غير النشط/المتبقي لـ SARS-CoV-2، إلى نتائج إيجابية كاذبة في فحوصات rRT-PCR9. وبالتالي، فمن الواضح أن اختبارات PCR يمكنها بالفعل تحديد حاملي شظايا الجينات، لأنها لا تستطيع حتى التمييز بين الجينات الفيروسية النشطة حقًا، وبالتالي فإن الاختبارات يمكنها فقط تحديد الناقلين وليس المرضى. لذلك، من المهم تقييم الأداء التشخيصي باستخدام الطرق القياسية في بيئتنا. على الرغم من توفر العديد من كواشف NAAT في معهد الصحة العامة الإثيوبي (EPHI) وفي جميع أنحاء البلاد، إلا أنه لم يتم الإبلاغ عن أي تقييم مقارن لفعاليتها حتى الآن. لذلك، هدفت هذه الدراسة إلى تقييم الأداء المقارن للمجموعات المتاحة تجاريًا للكشف عن فيروس كورونا المستجد (SARS-CoV-2) بواسطة اختبار تفاعل البوليميراز المتسلسل (rRT-PCR) باستخدام العينات السريرية.
تم تضمين ما مجموعه 164 مشاركًا يشتبه في إصابتهم بـCOVID-19 في هذه الدراسة. وكانت غالبية العينات من مراكز العلاج (118/164 = 72٪)، في حين أن المشاركين الـ 46 المتبقين (28٪) كانوا من مراكز غير علاجية. ومن بين المشاركين الذين لم يعالجوا في المركز، كان لدى 15 (9.1%) حالات مشتبه بها سريرياً و31 (18.9%) كان لديهم اتصالات بحالات مؤكدة. كان ثلاثة وتسعون (56.7٪) من المشاركين من الذكور، وكان متوسط ​​​​عمر المشاركين (± SD) 31.10 (± 11.82) سنة.
تم في هذه الدراسة تحديد المعدلات الإيجابية والسلبية لأربعة اختبارات لـCOVID-19. وهكذا، كانت المعدلات الإيجابية لفحص Abbott SARS-CoV-2، ومقايسة Daan Gene 2019-nCoV، ومقايسة SARS-CoV-2 BGI، ومقايسة Sansure Biotech 2019-nCoV 59.1%، و58.5%، و57.9%، و55.5% على التوالي. . كانت درجات المعيار المرجعي المركب الإيجابية والسلبية (CRS) 97 (59.1٪) و 67 (40.9٪) على التوالي (الجدول 1). في هذه الدراسة، اعتمد تعريف CRS على قاعدة "أي إيجابية"، حيث من بين نتائج الاختبار الأربعة، تم اعتبار نتيجتين أو أكثر من نتائج الاختبار التي أعطت نفس النتيجة إيجابية أو سلبية حقيقية.
في هذه الدراسة، وجدنا اتفاق نسبة سلبية (NPA) بنسبة 100% (95% CI 94.6-100) لجميع التحليلات مقارنة بـ CRS. أظهر تحليل Sansure Biotechnology الحد الأدنى من PPA بنسبة 93.8% (95% CI 87.2-97.1) وكان تحليل Daan Gene 2019-nCoV اتفاقًا إجماليًا بنسبة 99.4% (95% CI 96.6-99.9). في المقابل، كان الاتفاق الإجمالي بين اختبار SARS-CoV-2 BGI ومقايسة Sansure Biotech 2019-nCoV 98.8% و96.3% على التوالي (الجدول 2).
كان معامل اتفاق كابا لكوهين بين CRS ونتائج اختبار Abbott SARS-CoV-2 متسقًا تمامًا (K = 1.00). وبالمثل، فإن قيم كابا كوهين التي اكتشفتها Daan Gene 2019-nCoV وSARS-CoV-2 BGI وSansure Biotech 2019-nCoV متوافقة تمامًا أيضًا مع CRS (K ≥ 0.925). في هذا التحليل المقارن، أظهر اختبار مربع كاي (اختبار ماكنيمار) أن نتائج اختبار Sansure Biotech 2019-nCoV كانت مختلفة بشكل كبير عن نتائج CRS (ع = 0.031) (الجدول 2).
كما هو مبين في الشكل.في الشكل 1، كانت النسبة المئوية لأدنى قيمة Ct (< 20 Ct) لفحص Abbott SARS-CoV-2 (الجين RdRp و N المشترك) 87.6%، وأظهرت قيمة Ct لجين ORF1a/b لمقايسة Sansure Biotech 2019-nCoV أن النسبة المئوية للقيمة المنخفضة Ct (أقل من 20 Ct) لمقايسة Sansure Biotech 2019-nCoV كانت 87.6%. كانت قيمة Ct (<20 Ct) 50.3% وكانت قيمة Ct العالية (36-40 Ct) 3.2%. في الشكل 1، كانت النسبة المئوية لأدنى قيمة Ct (< 20 Ct) لفحص Abbott SARS-CoV-2 (الجين RdRp و N المشترك) 87.6%، وأظهرت قيمة Ct لجين ORF1a/b لمقايسة Sansure Biotech 2019-nCoV أن النسبة المئوية للقيمة المنخفضة Ct (أقل من 20 Ct) لمقايسة Sansure Biotech 2019-nCoV كانت 87.6%. كانت قيمة Ct (<20 Ct) 50.3% وكانت قيمة Ct العالية (36-40 Ct) 3.2%.كما هو مبين في الشكل.1, نسبة تركيز Ct (< 20 Ct) تم تحليلها بواسطة Abbott SARS-CoV-2 (مركب من RdRp وN) بنسبة 87,6%، مع Ct من ORF1a/b أظهر تحليل Sansure Biotech 2019-nCoV أن النسبة المئوية للوزن Ct (< 20 Ct) تصل إلى 50,3%، ونسبة كبيرة من Ct (36–40 Ct) составляло 3,2%. في الشكل 1، كانت النسبة المئوية لتحليل أقل قيمة Ct (<20 Ct) لـ Abbott SARS-CoV-2 (الجين المشترك RdRp وN) 87.6%، وأظهرت قيمة Ct لتحليل الجينات ORF1a/b لـ Sansure Biotech 2019-nCoV أن النسبة المئوية لقيمة Ct المنخفضة (<20 Ct) تمثل 50.3%، والقيمة Ct المرتفعة (36-40) ط) بنسبة 3.2%.يحتوي على 1 حمض نووي، يحتوي Abbott SARS-CoV-2 على 87.6% من Sansure Biotech 2019-nCoV. يحتوي ORF1a/b على Ct 值显示低Ct (< 20 Ct) بنسبة 50.3%، 高Ct 值(36–40 Ct) بنسبة 3.2%. كما هو موضح في الشكل 1، فإن أدنى نسبة لقيمة Ct (< 20 Ct) لاختبار Abbott SARS-CoV-2 (مزيج من جين RdRp وN) هي 87.6%، وقيمة Ct لجين ORF1a/b لاختبار Sansure Biotech 2019-nCoV تظهر نسبة منخفضة من Ct(< 20 Ct) بنسبة 50.3%, 高Ct النسبة المئوية (36-40 قيراط) هي 3.2%. فيما يتعلق بالمصدر 1، أظهر تحليل Abbott SARS-CoV-2 (الجينات RdRp وN) نسبة مئوية أقل من Ct (< 20 Ct) على نطاق واسع 87.6%، تم اكتشاف Ct من ORF1a/b في نتائج دراسة Sansure Biotech 2019- تحليل nCoV الذي تم عرضه بواسطة نيزكي Ct. كما هو موضح في الشكل 1، كان لفحص Abbott SARS-CoV-2 (الذي يجمع بين جينات RdRp وN) أقل نسبة مئوية لقيمة Ct (<20 Ct) عند 87.6%، في حين أن قيمة Ct لجين ORF1a/b في Sansure دراسة التكنولوجيا الحيوية 2019 – أظهر تحليل nCoV انخفاض Ct. Процент значений (< 20 Ct) составил 50,3%, و процент высокий значений Ct (36-40 Ct) составил 3,2%. وكانت نسبة القيم (< 20 قيراط) 50.3%، وكانت نسبة القيم العالية (36-40 قيراط) 3.2%.وسجل اختبار Abbott SARS-CoV-2 B قيم Ct أعلى من 30. من ناحية أخرى، في اختبار BGI SARS-CoV-2، كان لجين ORF1a/b قيمة Ct عالية (> 36 Ct) وكانت النسبة 4٪ (الشكل 1). من ناحية أخرى، في اختبار BGI SARS-CoV-2، كان لجين ORF1a/b قيمة Ct عالية (> 36 Ct) وكانت النسبة 4٪ (الشكل 1). من ناحية أخرى، في تحليل BGI SARS-CoV-2 للجيل ORF1a/b، تم تحديد نسبة عالية من Ct (> 36 Ct)، بلغت النسبة 4% (نسبة 1). من ناحية أخرى، في تحليل جين BGI SARS-CoV-2 ORF1a/b كان له قيمة Ct عالية (> 36 Ct)، وكانت النسبة المئوية لها 4٪ (الشكل 1).تم اكتشافه من قبل BGI SARS-CoV-2، ORF1a/b بنسبة 4% (图1). من ناحية أخرى، في اكتشاف BGI لـ SARS-CoV-2، تبلغ النسبة المئوية لجين ORF1a/b ذو القيمة Ct العالية (> 36 Ct) 4% (الشكل 1). ومن ناحية أخرى، في تحليل BGI SARS-CoV-2، استقرت نسبة جين ORF1a/b مع نسبة عالية من Ct (> 36 قيراط) بنسبة 4% (نسبة 1). من ناحية أخرى، في تحليل BGI SARS-CoV-2، كانت النسبة المئوية لجينات ORF1a/b ذات قيم Ct عالية (> 36 Ct) 4٪ (الشكل 1).
في هذه الدراسة، أخذنا 164 عينة من البلعوم الأنفي. بالنسبة لجميع أنواع المقايسات، تم إجراء عزل الحمض النووي الريبي (RNA) وتضخيمه باستخدام الأساليب والمجموعات الموصى بها من قبل الشركات المصنعة المعنية.
أظهرت هذه الدراسة أن اختبار أبوت لـ SARS-CoV-2 له نفس أداء الكشف مثل CRS، مع توافق إيجابي وسلبي وشامل بنسبة 100%. اتفاقية كوهين كابا هي 1.00، مما يشير إلى الاتفاق الكامل مع خدمات الإغاثة الكاثوليكية. وجدت دراسة مماثلة أجرتها جامعة واشنطن في الولايات المتحدة أن الحساسية العامة والنوعية لاختبار أبوت لـ SARS-CoV-2 كانت 93% و100% على التوالي، مقارنة بالمقايسة المحددة مختبريًا (LDA) لمراكز السيطرة على الأمراض والوقاية منها. . 11. يعتمد نظام اكتشاف Abbott SARS-CoV-2 على الكشف المشترك المتزامن لجينات N وRdRp، حيث أن كلا الجينين أكثر حساسية، مما يقلل من النتائج السلبية الكاذبة12. وأظهرت دراسة أجريت في فيينا بالنمسا أيضًا أن أحجام عينات الاستخراج الكبيرة وأحجام شطف الكشف قللت من تأثيرات التخفيف وزادت كفاءة الكشف. وبالتالي، يمكن ربط تطابق أبوت المثالي لفحص SARS-CoV-2 بنظام اكتشاف المنصة الذي يكتشف في الوقت نفسه الجينات التوافقية، ويستخرج عددًا كبيرًا من العينات (0.5 مل)، ويستخدم كمية كبيرة من الشاطف (40 ميكرولتر).
أظهرت نتائجنا أيضًا أن أداء الكشف عن اختبار Daan الوراثي كان تقريبًا نفس أداء CRS. ويتوافق هذا مع دراسة أجريت في جامعة آنهوي في هواينان، الصين، ومع ادعاء الشركة المصنعة بالموافقة الإيجابية بنسبة 100%. على الرغم من التقارير التي تشير إلى نتائج متسقة، كانت إحدى العينات سلبية كاذبة بعد إعادة اختبار نفس الشطف، ولكنها كانت إيجابية في فحوصات Abbott SARS-CoV-2 وSansure Biotech nCoV-2019. يشير هذا إلى أنه قد يكون هناك تباين في النتائج عبر أنواع مختلفة من المقايسات. ومع ذلك، في الدراسة التي أجريت في الصين، كانت نتيجة اختبار جين دان مختلفة بشكل كبير (P <0.05) مقارنة بالمقايسة المرجعية المحددة في المختبر. ومع ذلك، في الدراسة التي أجريت في الصين، كانت نتيجة اختبار جين دان مختلفة بشكل كبير (P <0.05) مقارنة بالمقايسة المرجعية المحددة في المختبر. لا يعني ذلك أنه تم اختباره في الصين15، وتم تحليل نتائج دان جين بشكل ممتاز (p <0,05) من مختبره. التحليل الفني. ومع ذلك، في دراسة أجريت في الصين15، كانت نتيجة تحليل Daan Gene مختلفة بشكل كبير (P <0.05) عن التحليل المرجعي المختبري.كل يوم، أفضل ما في الأمر هو 15 عامًا، وهو أمر لا مفر منه. لا يوجد أي مشكلة في هذا الأمر <0.05).في نهاية المطاف، يجب أن يكون هناك 15 شخصًا في جميع أنحاء العالم. أفضل ما في الأمر هو الحصول على أفضل النتائج <0.05 من ناحية أخرى, مقاطعة في الصين15, نتائج الاختبار الوراثي دان تم تحديدها بشكل جيد (P < 0,05) من قبل هذا اختبار معملي. ومع ذلك، في دراسة أجريت في الصين15، كانت نتائج الاختبار الجيني لدان مختلفة بشكل كبير (P <0.05) مقارنة بالاختبار المعملي المرجعي.قد يكون هذا التناقض بسبب حساسية الاختبار المرجعي للكشف عن SARS-CoV-2، وقد يكون من المهم إجراء المزيد من الدراسات لتحديد السبب.
بالإضافة إلى ذلك، قامت دراستنا بتقييم الأداء المقارن لفحص SARS-CoV-2 BGI مع CRS، مما أظهر توافقًا إيجابيًا ممتازًا في النسبة المئوية (PPA = 97.9%)، وتوافقًا في النسبة المئوية السلبية (NPA = 100%)، وتوافقًا في النسبة المئوية الإجمالية حسب الجنس ( أوبا). ). = 98.8%). أظهرت قيم كابا كوهين توافقًا جيدًا (K = 0.975). أظهرت الدراسات التي أجريت في هولندا 16 والصين 15 نتائج متسقة. اختبار SARS-CoV-2 BGI هو اختبار للكشف عن جين واحد (ORF1a/b) باستخدام شطافة تضخيم/اكتشاف 10 ميكرولتر. على الرغم من الاتفاق الإحصائي الجيد مع نتائجنا المرجعية، فقد غاب التحليل عن عينتين إيجابيتين (1.22%) من إجمالي العينة. يمكن أن يكون لذلك آثار سريرية ضخمة على ديناميكيات انتقال العدوى على مستوى المريض والمجتمع.
تحليل مقارن آخر مدرج في هذه الدراسة هو اختبار Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO)؛ بلغت نسبة المباراة الإجمالية 96.3٪. تم تحديد قوة الاتفاق أيضًا من خلال قيمة Cohen's Kappa، والتي كانت 0.925، مما يشير إلى الاتفاق الكامل مع CRS. مرة أخرى، تتطابق نتائجنا مع الدراسات التي أجريت في جامعة سنترال ساوث في تشانغشا، الصين، وفي قسم المختبرات السريرية في مستشفى ليوتشو الشعبي، مدينة ليوتشو، الصين. على الرغم من تسجيل التوافق الإحصائي الجيد أعلاه، أظهر اختبار مربع كاي (اختبار ماكنيمار) أن نتيجة اختبار Sansure Biotech كان لها فرق ذو دلالة إحصائية مقارنة بـ CRS (P <0.005). على الرغم من تسجيل التوافق الإحصائي الجيد أعلاه، أظهر اختبار مربع كاي (اختبار ماكنيمار) أن نتيجة اختبار Sansure Biotech كان لها فرق ذو دلالة إحصائية مقارنة بـ CRS (P <0.005). لا داعي للقلق بشأن أنه كان مؤكّدًا على أي إحصائية جيدة جدًا، أي معيار (معيار) ماكنيمارا) أن نتيجة تحليل Sansure Biotech لها إحصائية مختلفة تمامًا عن CRS (P <0,005). على الرغم من تسجيل الاتفاق الإحصائي الجيد أعلاه، أظهر اختبار مربع كاي (اختبار ماكنيمار) أن نتيجة اختبار Sansure Biotech كان لها فرق ذو دلالة إحصائية مقارنة بـ CRS (P <0.005).تم تصميم هذا المنتج من قبل شركة Sansure Biotech، وهي شركة متخصصة في تصنيع أجهزة MacNemar، وشركة Sansure Biotech في شركة CRS.相比具有统计学显着差异(P <0.005).يمكن أن يكون هناك أي مشكلة في استخدام التكنولوجيا الحيوية , وهو ما يعني أن macnemar هو الحل الأمثل , , شركة Sansure Biotech التي تعتمد على crs 相比具有 显着 ((ع <0.005 . لا يوجد أي إحصائية جيدة جدًا، ومعايير هذه الفئة (معيار مكنمارا) تعرض إحصائيًا الفرق كبير (p < 0,005) من خلال تحليل Sansure Biotech وCRS. على الرغم من الاتفاق الإحصائي الجيد المذكور أعلاه، أظهر اختبار مربع كاي (اختبار ماكنيمار) فرقًا ذا دلالة إحصائية (P <0.005) بين اختبار Sansure Biotech وCRS.تم العثور على ست عينات (3.66٪) لتكون سلبية كاذبة مقارنة بـ CRS (الجدول التكميلي 1)؛ وهذا أمر مهم للغاية، خاصة بالنظر إلى ديناميكيات انتقال الفيروس. تدعم البيانات المذكورة أعلاه أيضًا معدل الكشف المنخفض هذا.
في هذه الدراسة، تم تحديد قيم Ct لكل اختبار والمنصة المعنية، مع الإبلاغ عن أدنى قيمة لمتوسط ​​Ct في اختبار Abbott SARS-CoV-2. قد تكون هذه النتيجة مرتبطة بنظام الاختبارات الجينية المجمعة المتزامنة لشركة Abbott للكشف عن فيروس SARS-CoV-2. لذلك، وفقًا للشكل 1، كانت 87.6% من نتائج Abbott SARS-CoV-2 تحتوي على قيم Ct أقل من 20. وكان عدد قليل فقط من نتائج العينات (12.4%) في نطاق 20-30. لم يتم تسجيل قيم Ct فوق 30. بالإضافة إلى استخدام شركة أبوت لتنسيق الاختبار الجيني للوحة SARS-CoV-2، قد تكون هذه النتيجة مرتبطة بالحد الأدنى للاكتشاف (32.5 نسخة من الحمض النووي الريبي/مل)18، وهو أقل بثلاث مرات من الحد الأدنى للشركة وهو 100 نسخة من الحمض النووي الريبوزي (RNA) / مل. مل)19.
تحتوي هذه الدراسة على بعض القيود: أولاً، ليس لدينا طرق قياسية/مرجعية [مثل الحمل الفيروسي أو الاختبارات المعملية الأخرى (LDA)] بسبب نقص الموارد. ثانيًا، كانت جميع العينات المستخدمة في هذه الدراسة عبارة عن مسحات من البلعوم الأنفي، في حين لم تكن النتائج قابلة للتطبيق على أنواع العينات الأخرى، وثالثًا، كان حجم عينتنا صغيرًا.
قارنت هذه الدراسة أداء أربعة فحوصات rRT-PCR لـ SARS-CoV-2 باستخدام عينات من البلعوم الأنفي. تتمتع جميع فحوصات الكشف بأداء مماثل تقريبًا، باستثناء اختبار Sansure Biotech. علاوة على ذلك، تم تحديد معدل الإيجابية المنخفض في اختبار Sansure Biotech مقارنة بـ CRS (P <0.05). علاوة على ذلك، تم تحديد معدل الإيجابية المنخفض في اختبار Sansure Biotech مقارنة بـ CRS (P <0.05). علاوة على ذلك، في الاختبار، حققت شركة Sansure Biotech نسبة عالية من النتائج الإيجابية في المطابقة مع CRS (p <0,05). بالإضافة إلى ذلك، أظهر اختبار Sansure Biotech نسبة منخفضة من النتائج الإيجابية مقارنة باختبار CRS (P <0.05).تم اختباره بواسطة CRS، تم اختبار Sansure Biotech (P <0.05).تم اختباره بواسطة CRS، تم اختبار Sansure Biotech (P <0.05). علاوة على ذلك، قام تحليل شركة Sansure Biotech بدراسة نتائج أفضل وأكثر دقة مع CRS (P <0,05). بالإضافة إلى ذلك، كان لفحص Sansure Biotech معدل إيجابية أقل مقارنةً بـ CRS (P <0.05).تجاوز تحليل Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) لـ PPA وNPA والاتفاق العام 93.5% مع قوة Cohen Kappa لقيمة الاتفاق البالغة 0.925. أخيرًا، يحتاج اختبار Sansure Biotech Assay (RUO) إلى مزيد من التحقق لاستخدامه في إثيوبيا، وينبغي النظر في إجراء بحث إضافي لتقييم مطالبات الشركات المصنعة الفردية.
تم إجراء تصميم دراسة مقارنة في أربعة مرافق صحية في أديس أبابا، مستشفى إيكا كوتيبي، مركز علاج كنيسة الألفية، مستشفى زيووديتو التذكاري، ومستشفى سانت بيتر التخصصي للسل. تم جمع البيانات في الفترة ما بين 1 و31 ديسمبر 2020. وقد تم اختيار المرافق الطبية لهذه الدراسة بشكل مقصود بناءً على العدد الكبير من الحالات وتوافر مراكز العلاج الرئيسية في المدينة. وبالمثل، تم اختيار الأدوات، بما في ذلك أدوات PCR في الوقت الحقيقي ABI 7500 وAbbott m2000، وفقًا لتوصيات الشركات المصنعة لكاشف NAAT، وتم اختيار أربع مجموعات للكشف عن PCR لهذه الدراسة، حيث استخدمت معظم المختبرات في إثيوبيا على الأقل أربعة منهم. اختبار الجينات، واختبار Abbott SARS-CoV-2، واختبار Sansure Biotech، واختبار SARS-CoV-2 BGI الذي تم إجراؤه أثناء الدراسة).
تم إجراء اختبار SARS-CoV-2 في الفترة من 1 إلى 30 ديسمبر 2020 باستخدام 3 مل من وسط النقل الفيروسي (VTM) (Miraclean Technology، شنتشن، الصين) من أفراد قيد التحقيق بشأن مرض كوفيد-19 المُحالين إلى EPHI. تم جمع عينات البلعوم الأنفي من قبل جامعي العينات المدربين وإرسالها إلى EPHI في عبوات ثلاثية. قبل عزل الحمض النووي، يتم تعيين رقم تعريف فريد لكل عينة. يتم إجراء الاستخراج من كل عينة فور وصولها باستخدام طرق الاستخراج اليدوية والآلية. وبالتالي ، من أجل الاستخراج التلقائي لـ Abbott m2000 ، تم استخراج 1.3 مل (بما في ذلك الحجم الميت 0.8 مل وحجم مدخل الاستخراج 0.5 مل) من العينة من كل عينة وتمريرها عبر نظام تحضير عينة الحمض النووي Abbott (Abbott Molecular Inc. des Plaines، إلينوي، الولايات المتحدة الأمريكية). ) تم تضمين مجموعة مكونة من 96 [92 عينة، وعنصري تحكم للكشف وعنصري تحكم غير قالبيين (NTC)] في العملية الشاملة (الاسترجاع والكشف) لجولتين من SARS-CoV-2 (EUA) في الوقت الفعلي. التعدين. وبالمثل، بالنسبة للاستخراج اليدوي، استخدم نفس العينات (للاستخراج والاكتشاف التلقائي). وهكذا، طوال العملية، تم تقسيم 140 ميكرولتر من العينات واستخراجها باستخدام QIAamp Viral RNA Mini Kit (QIAGEN GmbH، Hilden، ألمانيا) على دفعات من 24 (بما في ذلك 20 عينة، واثنين من أدوات التحكم في الاختبار واثنين من NTCs) على مدى تسع جولات. تم تضخيم الشطف المستخرج يدويًا واكتشافه باستخدام دورة حرارية ABI 7500 باستخدام اختبار SARS-CoV-2 BGI، ومقايسة Daan Gene، ومقايسة Sansure Biotech.
تتبع العزلة والتنقية الآلية للحمض النووي الريبي الفيروسي SARS-CoV-2 مبدأ الخرزة المغناطيسية باستخدام كواشف إعداد عينة DNA من شركة Abbott. يتم إجراء تعطيل العينات وإذابة الجزيئات الفيروسية باستخدام منظف يحتوي على إيزوثيوسيانات الجوانيدين لإفساد البروتين وتعطيل نشاط RNase. يتم بعد ذلك فصل الحمض النووي الريبي (RNA) عن البروتين عن طريق فصل الطور الصلب باستخدام السيليكا، أي أن ملح الجوانيدينيوم ودرجة الحموضة القلوية لمحلول التحلل يعزز ربط الأحماض النووية بالسيليكا (SiO2). تقوم خطوة الشطف بإزالة البروتينات المتبقية والحطام لإنتاج حل واضح. يتم عزل الحمض النووي الريبي الشفاف عن الجسيمات الدقيقة القائمة على السيليكا باستخدام المجال المغناطيسي للأداة. من ناحية أخرى، يتم إجراء العزل والتنقية اليدوية للحمض النووي الريبي (RNA) بطريقة عمود الدوران باستخدام الطرد المركزي بدلاً من الحامل المغناطيسي وفصل الجسيمات الدقيقة عن الشاطف.
تم إجراء اختبار Abbott Real-Time للكشف عن SARS-CoV-2 (Abbott Molecular, Inc.) وفقًا لتعليمات الشركة المصنعة، والتي تلقت EUA19,22 من منظمة الصحة العالمية وإدارة الغذاء والدواء. في هذا البروتوكول، تم إجراء تعطيل العينة قبل الاستخراج في حمام مائي عند 56 درجة مئوية لمدة 30 دقيقة. بعد تعطيل الفيروس، تم إجراء استخراج الحمض النووي على أداة Abbott m2000 SP من 0.5 مل VTM باستخدام نظام تحضير عينة الحمض النووي Abbott m2000. وفقا للشركة المصنعة. تم إجراء التضخيم والكشف باستخدام أداة Abbott m2000 RT-PCR، وتم إجراء الكشف المزدوج لجينات RdRp وN. ROX) وVIC P (صبغة الملكية) لاستهداف والكشف عن الضوابط الداخلية، مما يسمح بالكشف المتزامن لكلا منتجات التضخيم 19.
تعتمد طريقة الكشف عن التضخيم لهذه المجموعة على تقنية RT-PCR ذات الخطوة الواحدة. تم اختيار جينات ORF1a/b وN كمناطق محفوظة بواسطة تقنية Daan Gene Technology للكشف عن تضخيم المنطقة المستهدفة. تم تصميم الاشعال المحددة وتحقيقات الفلورسنت (تحقيقات الجينات N الموسومة بـ FAM، تحقيقات ORF1a/b الموسومة بـ VIC) لاكتشاف SARS-CoV-2 RNA في العينات. تم تحضير الخلطات الشاطفة والرئيسية النهائية عن طريق إضافة 5 ميكرولتر من الشاطف إلى 20 ميكرولتر من المزيج الرئيسي إلى الحجم النهائي البالغ 25 ميكرولتر. تم إجراء التضخيم والكشف في وقت واحد على أداة PCR في الوقت الحقيقي ABI 750024.
تم اكتشاف جينات ORF1a/b وN باستخدام مجموعة تشخيص الحمض النووي Sansure Biotech nCoV-2019 (اكتشاف PCR الفلوريسنت). إعداد تحقيقات محددة لكل الجينات المستهدفة عن طريق تحديد قناة FAM لمنطقة ORF1a/b وقناة ROX للجين N. إلى مجموعة المقايسة هذه، تتم إضافة الكواشف الشاطفة والمزيج الرئيسي على النحو التالي: إعداد 30 ميكرولتر من كاشف المزيج الرئيسي و20 ميكرولتر من العينة المشطفة للكشف/التضخيم. تم استخدام PCR ABI 750025 في الوقت الحقيقي للتضخيم/الكشف.
اختبار SARS-CoV-2 BGI عبارة عن مجموعة rRT-PCR الفلورية في الوقت الحقيقي لتشخيص فيروس كورونا (COVID-19). وتقع المنطقة المستهدفة في منطقة ORF1a/b من جينوم SARS-CoV-2، وهي طريقة واحدة للكشف عن الجين. بالإضافة إلى ذلك، فإن جين التدبير المنزلي البشري β-actin هو جين مستهدف منظم داخليًا. يتم تحضير المزيج الرئيسي عن طريق خلط 20 ميكرولتر من كاشف المزيج الرئيسي و10 ميكرولتر من عينة الحمض النووي الريبي (RNA) المستخرجة في طبق جيد. تم استخدام أداة PCR الكمية الفلورية في الوقت الحقيقي ABI 7500 للتضخيم والكشف. تم إجراء جميع تضخيم الحمض النووي، وظروف تشغيل PCR لكل اختبار، وتفسير النتائج وفقًا لتعليمات الشركة المصنعة المعنية (الجدول 3).
في هذا التحليل المقارن، لم نستخدم الطريقة القياسية المرجعية لتحديد النسبة المئوية للتوافق (الإيجابي والسلبي والإجمالي) ومعلمات المقارنة الأخرى للتحليلات الأربعة. تم إجراء كل اختبار مقارنة مع CRS، في هذه الدراسة تم تحديد CRS بواسطة قاعدة "أي إيجابية" وتم تحديد النتيجة، وليس عن طريق اختبار واحد، استخدمنا على الأقل نتيجتين متطابقتين للاختبار. بالإضافة إلى ذلك، في حالة انتقال كوفيد-19، تكون النتائج السلبية الكاذبة أكثر خطورة من النتائج الإيجابية الكاذبة. لذلك، لكي نقول "إيجابي" بأكبر قدر ممكن من الدقة من نتيجة CRS، يجب أن يكون اختباران على الأقل إيجابيين، مما يعني أنه من المحتمل أن تأتي نتيجة إيجابية واحدة على الأقل من اختبار EUA. وبالتالي، من بين نتائج الاختبار الأربعة، تعتبر نتيجتان أو أكثر من نتائج الاختبار التي تعطي نفس النتيجة إيجابية أو سلبية حقيقية.
تم جمع البيانات باستخدام نماذج استخلاص البيانات المنظمة، وتم إدخال البيانات وتحليلها باستخدام برنامج Excel الإحصائي وSPSS الإصدار 23.0 للإحصائيات الوصفية. تم تحليل النسبة المئوية الإيجابية والسلبية والشاملة، وتم استخدام درجة كابا لتحديد درجة اتفاق كل طريقة مع CRS. يتم تفسير قيم Kappa على النحو التالي: 0.01 إلى 0.20 للاتفاق المعتدل، 0.21 إلى 0.40 للاتفاق العام، 0.41-0.60 للاتفاق المعتدل، 0.61-0.80 للاتفاق الرئيسي و0.81-0.99 للاتفاق الكامل.
تم الحصول على الموافقة الأخلاقية من جامعة أديس أبابا وتمت الموافقة على جميع البروتوكولات التجريبية لهذه الدراسة من قبل مجلس مراجعة الأخلاقيات العلمية التابع لمعهد الصحة العامة الإثيوبي. الرقم المرجعي لترخيص أخلاقيات EPHI هو EPHI/IRB-279-2020. تم تطبيق جميع الطرق وفقًا لتوصيات وأحكام المبادئ التوجيهية الوطنية الإثيوبية الشاملة لعلاج كوفيد-19. وبالإضافة إلى ذلك، تم الحصول على موافقة خطية مستنيرة من جميع المشاركين في الدراسة قبل المشاركة في الدراسة.
يتم تضمين جميع البيانات التي تم الحصول عليها أو تحليلها في هذه الدراسة في هذه المقالة المنشورة. البيانات الداعمة لنتائج هذه الدراسة متاحة من المؤلف المعني بناءً على طلب معقول.
منظمة الصحة العالمية. توصيات بشأن استراتيجيات الاختبارات المعملية لكوفيد-19: إرشادات مؤقتة، 21 مارس 2020 رقم WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (منظمة الصحة العالمية، 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI التشخيص الذكي لفيروس كوفيد-19 في قسم الطوارئ: الكل في الممارسة العملية. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI التشخيص الذكي لفيروس كوفيد-19 في قسم الطوارئ: الكل في الممارسة العملية.Muliou، DS، Pantazopoulos، I. and Gurgulianis، KI التشخيص الذكي لـ COVID-19 في قسم الطوارئ: كل شيء في الممارسة العملية.Muliou DS, Pantazopoulos I. and Gurgulyanis KI التشخيص الذكي لـCOVID-19 في أقسام الطوارئ: التكامل الشامل في الممارسة العملية. الخبير القس تنفس. الدواء. 3، 263-272 (2022).
Mitchell، SL & St George، K. تقييم معرف COVID19 الآن بمقايسة EUA. Mitchell، SL & St George، K. تقييم معرف COVID19 الآن بمقايسة EUA.Mitchell، SL and St. George، K. تقييم معرف COVID19 الآن بمقايسة EUA.Mitchell SL وSt. George K. تقييم معرف COVID19 الآن بمقايسة EUA. J. السريرية. فايروس. 128، 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
من. الكشف المختبري عن مرض فيروس كورونا 2019 (COVID-19) في الأمراض البشرية المشتبه بها. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (تم الوصول إليه في 15 أغسطس 2020) (منظمة الصحة العالمية، 2020).
أودوغاما، ب. وآخرون. تشخيص كوفيد-19: الأمراض وأدوات الاختبار. ايه سي اس نانو 14(4)، 3822-3835 (2020).
سيد س. وآخرون. إنشاء كلية علماء الأمراض في شرق ووسط وجنوب أفريقيا – المدرسة الإقليمية لعلم الأمراض في الشرق الأوسط وجنوب أفريقيا. أفريقيا. جي لاب. الدواء. 9(1)، 1-8 (2020).
المعهد الإثيوبي للصحة العامة، وزارة الصحة الاتحادية. الاستراتيجية الوطنية المؤقتة والإرشادات للتشخيص المختبري لفيروس كوفيد-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (تم الوصول إليه في 12 أغسطس 2020) (EPHI، 2020).
Woloshin، S.، Patel، N. & Kesselheim، AS الاختبارات السلبية الكاذبة لتحديات العدوى بفيروس SARS-CoV-2 وآثارها. Woloshin، S.، Patel، N. & Kesselheim، AS الاختبارات السلبية الكاذبة لتحديات العدوى بفيروس SARS-CoV-2 وآثارها.Voloshin S.، Patel N. و Kesselheim AS اختبارات سلبية كاذبة لعدوى SARS-CoV-2 وعواقبها.Voloshin S.، Patel N. و Kesselheim AS اختبارات سلبية كاذبة للاستفزاز وتأثير عدوى SARS-CoV-2. ن. م. ي. الطب. 383(6)، e38 (2020).
Mouliou، DS & Gourgoulianis، KI حالات كوفيد-19 الإيجابية الكاذبة والسلبية الكاذبة: استراتيجيات الوقاية من الجهاز التنفسي وإدارته، والتطعيم، ووجهات نظر أخرى. Mouliou، DS & Gourgoulianis، KI حالات كوفيد-19 الإيجابية الكاذبة والسلبية الكاذبة: استراتيجيات الوقاية من الجهاز التنفسي وإدارته، والتطعيم، ووجهات نظر أخرى. Mouliou، DS & Gourgoulianis، KI حالات العدوى والأمراض المعدية كوفيد-19: أمراض الجهاز التنفسي واستراتيجيات العلاج، التطعيم ومنظور مطول. Mouliou، DS & Gourgoulianis، KI الحالات الإيجابية الكاذبة والسلبية الكاذبة لـ COVID-19: استراتيجيات الوقاية والعلاج التنفسي والتطعيم والطريق إلى الأمام.Muliu، DS and Gurgulianis، KI الحالات الإيجابية الكاذبة والسلبية الكاذبة لـ COVID-19: استراتيجيات الوقاية من الجهاز التنفسي وعلاجه والتطعيم والطريق إلى الأمام. الخبير القس تنفس. الدواء. 15(8)، 993-1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. تشخيص كوفيد-19 في قسم الطوارئ: رؤية الشجرة ولكن فقدان الغابة. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. تشخيص كوفيد-19 في قسم الطوارئ: رؤية الشجرة ولكن فقدان الغابة.Mouliou, DS, Ioannis, P. and Konstantinos, G. تشخيص كوفيد-19 في قسم الطوارئ: شاهد الشجرة، افقد الغابة.Muliou DS، Ioannis P.، وKonstantinos G. تشخيص كوفيد-19 في غرف الطوارئ: غابة غير كافية للأشجار. يظهر. الدواء. ج. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
ديجلي أنجيلي، E. وآخرون. التحقق من صحة الأداء التحليلي والسريري لفحص Abbott RealTime SARS-CoV-2 والتحقق من صحته. J. السريرية. فايروس. 129، 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. مقارنة خمس مجموعات تمهيدية من منطقة جينوم مختلفة لـ COVID-19 للكشف عن عدوى الفيروس بواسطة RT-PCR التقليدي. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. مقارنة خمس مجموعات تمهيدية من مناطق جينوم مختلفة لـ COVID-19 للكشف عن عدوى الفيروس بواسطة RT-PCR التقليدي.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. and Aflatunyan, B. مقارنة خمس مجموعات من الاشعال من مناطق مختلفة من جينوم COVID-19 للكشف عن العدوى الفيروسية بواسطة RT-PCR التقليدي. مولاي، إتش آر، أفشار، أأ، كالانتار-نييستاناكي، د.، فضلاليبور، م. وأفلاتونيان، ب. تم إجراء اختبار RT-PCR على RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. مقارنة 5 مناطق وراثية مختلفة لـCOVID-19 للكشف عن العدوى الفيروسية بواسطة RT-PCR التقليدي.Mollaei HR، وAfshar AA، وKalantar-Neyestanaki D، وFazlalipour M.، وAflatunyan B. مقارنة خمس مجموعات من الاشعال من مناطق مختلفة من جينوم COVID-19 للكشف عن العدوى الفيروسية بواسطة RT-PCR التقليدي.إيران. ي. علم الأحياء الدقيقة. 12(3)، 185 (2020).
جويرتزر، I. وآخرون. النتائج الأولية للبرنامج الوطني لتقييم الجودة الخارجي للكشف عن تسلسل جينوم SARS-CoV-2. J. السريرية. فايروس. 129، 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
وانغ، م وآخرون. التقييم التحليلي لفعالية خمس مجموعات RT-PCR لمتلازمة الالتهاب الرئوي الحاد فيروس كورونا 2. J. Clinical. معمل. فتحة الشرج. 35(1)، e23643 (2021).
وانغ ب وآخرون. تقييم سبع مجموعات من أدوات الكشف عن الحمض النووي الريبوزي SARS-CoV-2 المتاحة تجارياً في الصين بناءً على تفاعل البوليميراز المتسلسل في الوقت الحقيقي (PCR). السريرية. كيميائي. معمل. الدواء. 58(9)، e149 – e153 (2020).
فان كاستيرين، PB وآخرون. مقارنة سبع مجموعات تشخيصية تجارية لكوفيد-19 بتقنية RT-PCR. J. السريرية. فايروس. 128، 104412 (2020).
لو، يو، وآخرون. مقارنة الأداء التشخيصي لمجموعتي PCR للكشف عن الأحماض النووية لـ SARS-CoV-2. J. السريرية. معمل. فتحة الشرج. 34(10)، e23554 (2020).
Lefart، PR، وما إلى ذلك. أظهرت دراسة مقارنة لأربع منصات اختبار تضخيم الحمض النووي (NAAT) لـ SARS-CoV-2 أن أداء ID NOW قد تدهور بشكل كبير اعتمادًا على نوع المريض والعينة. تشخبص. علم الأحياء الدقيقة. تصيب. ديس. 99(1)، 115200 (2021).
جزيء أبوت. إدراج حزمة تحليل SARS-CoV-2 في الوقت الفعلي من شركة Abbott. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay. 1-12. (اعتبارًا من 10 أغسطس 2020) (2020).
كلاين، S. وآخرون. عزل الحمض النووي الريبوزي (RNA) لـ SARS-CoV-2 باستخدام الخرز المغناطيسي للكشف السريع على نطاق واسع بواسطة RT-qPCR وRT-LAMP. فيروس 12(8)، 863 (2020).