أداء أربعة فحوصات تضخيم الأحماض النووية لتحديد SARS-COV-2 في إثيوبيا

شكرا لك على زيارة nature.com. أنت تستخدم نسخة متصفح بدعم محدود CSS. للحصول على أفضل تجربة ، نوصي باستخدام متصفح محدث (أو تعطيل وضع التوافق في Internet Explorer). بالإضافة إلى ذلك ، لضمان الدعم المستمر ، نعرض الموقع بدون أنماط وجافا سكريبت.
يعرض كاروسيل من ثلاث شرائح في وقت واحد. استخدم الأزرار السابقة والحالة التالية للتحرك عبر ثلاث شرائح في وقت واحد ، أو استخدام أزرار التمرير في النهاية للتحرك عبر ثلاث شرائح في كل مرة.
منذ تفشي مرض فيروس كورونافروس 2019 (COVID-19) ، تم تطوير العديد من اختبارات تضخيم الأحماض النووية التجارية (NAATS) في جميع أنحاء العالم وأصبحت فحوصات قياسية. على الرغم من أن العديد من الاختبارات تم تطويرها بسرعة وتطبيقها على اختبارات التشخيص المختبري ، إلا أن أداء هذه الاختبارات لم يتم تقييمه في مجموعة متنوعة من الإعدادات. لذلك ، تهدف هذه الدراسة إلى تقييم أداء فحوصات Abbott Sars-Cov-2 ، و Daan Gene ، و BGI ، و Sansure Biotech باستخدام المعيار المرجعي المركب (CRS). أجريت الدراسة في معهد الصحة العامة الإثيوبية (EPHI) من 1 إلى 30 ديسمبر 2020. 164 تم استخراج عينات البلعوم الأنفي باستخدام مجموعة Qiaamp RNA Mini ونظام إعداد عينة Abbott DNA. من 164 عينة ، 59.1 ٪ كانت إيجابية و 40.9 ٪ كانت سلبية ل CRS. كانت إيجابية التكنولوجيا الحيوية Sansure منخفضة بشكل كبير مقارنة بـ CRS (P <0.05). كانت إيجابية التكنولوجيا الحيوية Sansure منخفضة بشكل كبير مقارنة بـ CRS (P <0.05). пожожителные резттаты Sansure Biotech ыи значително ниже по срвнеمس с crs (p <0،05). كانت النتائج الإيجابية لـ Sansure Biotech أقل بكثير مقارنة بـ CRS (P <0.05).与 CRS 相比 ， Sansure Biotech 的阳性率显着较低 （p <0.05）。与 CRS 相比 ， Sansure Biotech 的阳性率显着较低 （p <0.05）。 у sansure Biotech ыоve значително еенше пожителыхных р ррттатов по о срвннию с crs (p <0،05). كان للتكنولوجيا الحيوية Sansure نتائج إيجابية أقل بكثير مقارنة بـ CRS (P <0.05).كان الاتفاق العام للتحليلات الأربعة 96.3-100 ٪ مقارنة مع CRS. بالإضافة إلى انخفاض معدل الإيجابية لمقايسة Sansure Biotech ، كان أداء المقايسات الأربعة قابلة للمقارنة تقريبًا. على هذا النحو ، يتطلب اختبار Sansure Biotech [Research Only (Ruo)] التحقق من صحة إضافية لاستخدامه في إثيوبيا. أخيرًا ، ينبغي النظر في بحث إضافي لتقييم المقايسات مع مطالبات الشركة المصنعة المناسبة.
الاختبارات المختبرية هي جزء من الخطة الاستراتيجية لمنظمة الصحة العالمية (WHO) لمرض فيروس كورونا 2019 (COVID-19). من ينصح أن البلدان بحاجة إلى بناء قدرة مختبر على تحسين الاستعداد وإدارة الحالات المناسبة واليقظة والاستجابة السريعة لتحديات الصحة العامة. هذا يشير إلى أن دور المختبر هو مفتاح توصيف المرض وعلم الأوبئة من العوامل المعدية الناشئة والسيطرة على انتشارها.
يتطلب تشخيص Covid-19 المعلومات الوبائية والطبية ، والأعراض/العلامات الشخصية ، والبيانات الشعاعية والمختبر 2. منذ أن تم الإبلاغ عن تفشي Covid-19 في ووهان ، الصين ، تم تطوير العديد من اختبارات تضخيم الأحماض النووية التجارية (NAATS) في جميع أنحاء العالم. تم استخدام تفاعل سلسلة بوليميريز النسخ العكسي في الوقت الحقيقي (RRT-PCR) كطريقة روتينية ومعتادة للتشخيص المختبري لمتلازمة الجهاز التنفسي الحاد 2 (SARS-COV-2) 3 العدوى. يعتمد الكشف الجزيئي لـ SARS-COV-2 عادةً على جين N (جين البروتين النيوكليوكابسيد) ، و E (جين بروتين الظرف) ، وجينات RDRP (الجينات البوليميري RNA المعتمدة على الحمض النووي الريبي) في ORF1A/B (إطار القراءة المفتوح 1A/B) . جين) المنطقة المحددة من الجينوم الفيروسي. وهي تعتبر المناطق الرئيسية المحفوظة الموجودة في الجينومات الفيروسية للتعرف على الفيروس 4. من بين هذه الجينات ، يكون للجينات RDRP و E حساسية اكتشاف تحليلية عالية ، في حين أن الجين N لديه حساسية تحليلية منخفضة 5.
قد يختلف أداء فحوصات PCR اعتمادًا على عوامل مختلفة مثل: الكواشف الاستخراج ، والتضخيم/الكشف عن الكواشف ، وطريقة الاستخراج ، وجودة آلة PCR وغيرها من الأدوات. اعتبارًا من أبريل 2020 ، تلقى أكثر من 48 جهازًا تشخيصيًا مختلفًا من تسع دول ترخيص استخدام الطوارئ (EUA) للتشخيصات COVID-196. في إثيوبيا ، يتم استخدام أكثر من 14 منصة PCR في الوقت الفعلي للكشف عن PCR لـ SARS-COV-2 في 26 مؤسسة للصحة العامة ، بما في ذلك ABI 7500 و Abbott M2000 و Roche 48000 و Quant-Studio7. بالإضافة إلى ذلك ، تتوفر مجموعات اختبار PCR المختلفة ، مثل اختبار الجينات Daan ، واختبار Abbott Sars-Cov-2 ، واختبار Sansure Biotech ، واختبار SARS-Cov-2 BGI. على الرغم من أن RRT-PCR حساسة للغاية ، فإن بعض المرضى الذين يعانون من COVID-19 يبلغون عن نتائج سلبية خاطئة بسبب عدم كفاية نسخ من حمض الريبون النووي الفيروسي (RNA) في عينات بسبب التجميع غير السليم والنقل والتخزين والتعامل والاختبار المختبري. شروط وإجراءات الموظفين 8. بالإضافة إلى ذلك ، يمكن أن يؤدي وضع عينة أو التحكم في وضع عتبة الدورة (CT) ، والتفاعل المتبادل مع الأحماض النووية المسببة للأمراض أو RNA غير النشطة/المتبقية SARS-2 RNA إلى نتائج إيجابية خاطئة في فحوصات RRT-PCR9. وبالتالي ، فمن الواضح أن اختبارات PCR يمكن أن تحدد بالفعل حاملات شظايا الجينات ، حيث لا يمكنها حتى التمييز بين الجينات الفيروسية النشطة حقًا ، وبالتالي يمكن للاختبارات تحديد الناقلات فقط وليس المرضى 10. لذلك ، من المهم تقييم الأداء التشخيصي باستخدام الطرق القياسية في إعدادنا. على الرغم من أن العديد من الكواشف NAAT متوفرة في معهد الصحة العامة الإثيوبية (EPHI) وفي جميع أنحاء البلاد ، لم يتم الإبلاغ عن أي تقييم مقارن لفعاليتها. لذلك ، تهدف هذه الدراسة إلى تقييم الأداء المقارن للمجموعات المتاحة تجاريًا للكشف عن SARS-COV-2 بواسطة RRT-PCR باستخدام العينات السريرية.
تم تضمين ما مجموعه 164 مشاركا مع المشتبه في Covid-19 في هذه الدراسة. كانت غالبية العينات من مراكز العلاج (118/164 = 72 ٪) ، في حين أن المشاركين البالغ عددهم 46 (28 ٪) كانوا من مراكز غير معالجة. من بين المشاركين الذين لم يعاملوا في المركز ، كان لدى 15 (9.1 ٪) من الحالات المشتبه بها سريريًا و 31 (18.9 ٪) لديهم اتصالات في الحالات المؤكدة. كان ثلاثة وتسعون (56.7 ٪) من المشاركين من الذكور ، وكان متوسط ​​(± SD) عمر المشاركين 31.10 (± 11.82) سنة.
في هذه الدراسة ، تم تحديد معدلات إيجابية وسلبية لأربعة اختبارات لـ Covid-19. وهكذا ، كانت المعدلات الإيجابية لفحص Abbott Sars-Cov-2 ، ومقياس Daan Gene 2019-NCOV ، و SARS-COV-2 BGI ، وفحص Sansure Biotech 2019-NCOV 59.1 ٪ و 58.5 ٪ و 57.9 ٪ و 55.5 ٪ على التوالي على التوالي . وكانت الدرجات المرجعية المرجعية الإيجابية والسلبية (CRS) 97 (59.1 ٪) و 67 (40.9 ٪) ، على التوالي (الجدول 1). في هذه الدراسة ، استند تعريف CRS إلى قاعدة "إيجابية" ، حيث من بين أربع نتائج اختبار ، اعتبرت نتائج الاختبار أو أكثر التي أعطت نفس النتيجة إيجابية أو سلبية.
في هذه الدراسة ، وجدنا اتفاقية نسبة مئوية سلبية (NPA) بنسبة 100 ٪ (95 ٪ CI 94.6-100) لجميع التحليلات مقارنة مع CRS. أظهر تحليل Sansure Biotechnology الحد الأدنى من PPA بنسبة 93.8 ٪ (95 ٪ CI 87.2-97.1) وتحليل DAAN GENE 2019-NCOV اتفاق إجمالي بنسبة 99.4 ٪ (95 ٪ CI 96.6-99.9). في المقابل ، كان الاتفاق العام بين اختبار SARS-COV-2 BGI و Sansure Biotech 2019-NCOV 98.8 ٪ و 96.3 ٪ ، على التوالي (الجدول 2).
كان معامل كوهين كابا للاتفاق بين CRS و Abbott SARS-COV-2 نتائج الفحص متسقة تمامًا (K = 1.00). وبالمثل ، فإن قيم كوهين كابا التي تم اكتشافها بواسطة Daan Gene 2019-NCOV و SARS-COV-2 BGI و Sansure Biotech 2019-NCOV تتفق تمامًا مع CRS (K ≥ 0.925). في هذا التحليل المقارن ، أظهر اختبار CHI-Square (اختبار MCNEMAR) أن نتائج اختبار Sansure Biotech 2019-NCOV كانت مختلفة بشكل كبير عن نتائج CRS (P = 0.031) (الجدول 2).
كما هو مبين في الشكل.1 كانت النسبة المئوية لأدنى قيمة CT (<20 CT) من مقايسة Abbott SARS-COV-2 (RDRP المشتركة وجين N) 87.6 ٪ و ORF1A/B CT القيمة CT من Sansure Biotech 2019-NCOV أظهرت أن النسبة المئوية للانخفاض كانت قيمة CT (<20 CT) 50.3 ٪ وكانت قيمة CT عالية (36-40 CT) 3.2 ٪. 1 كانت النسبة المئوية لأدنى قيمة CT (<20 CT) من مقايسة Abbott SARS-COV-2 (RDRP المشتركة وجين N) 87.6 ٪ و ORF1A/B CT القيمة CT من Sansure Biotech 2019-NCOV أظهرت أن النسبة المئوية للانخفاض كانت قيمة CT (<20 CT) 50.3 ٪ وكانت قيمة CT عالية (36-40 CT) 3.2 ٪.كما هو مبين في الشكل.1 ، процент наименшего значеمس (<20 ct) анализа abbott sars-cov-2 (коминированый ген rdrp и n) orf1a/b анализа sansure biotech 2019-ncov показало ч процент низзого значеمس ct (<20 ct) составло 3،2 ٪. 1 ، كانت النسبة المئوية لأقل قيمة CT (<20 CT) من ABBOTT SARS-COV-2 (الجينات المشتركة RDRP و N) 87.6 ٪ ، وأظهرت قيمة CT لتحليل الجينات ORF1A/B للتكنولوجيا الحيوية Sansure 2019-NCOV أن النسبة المئوية لقيمة CT المنخفضة (<20 CT) تمثل 50.3 ٪ ، وتمثل القيمة العالية CT (36-40 CT) 3.2 ٪.如图 1 所示 ， abbott sars-cov-2 检测 （结合 结合 rdrp 和 n 基因） 的最低 ct值 (<20 ct) 的百分比为 50.3 ٪ ， 高 ct 值 (36–40 ct) 的百分比为 3.2 ٪。 كما هو مبين في الشكل 1 ، فإن أدنى نسبة قيمة CT (أقل من 20 CT) من اختبار Abbott SARS-COV-2 (مزيج من RDRP و N Gene) هي 87.6 ٪ ، اختبار الجين ORF1A/B CT من Sansure Biotech 2019-NCOV يظهر انخفاض CT 值 (<20 CT) 的 النسبة المئوية هي 50.3 ٪ ، 高 ct 值 (36-40 ct) 的 النسبة المئوية 3.2 ٪. как показано н н ривمس 1 ، анализ abbott sars-cov-2 (сочетающий гены rdrp n) и и с с с с н н н н н з з з з з з с з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з з # з з < р р 87،6 ٪ ، و значение ct гена orf1a/b в иседоовани Sansure Biotech 2019- анализ ncov показалзизий ct. كما هو مبين في الشكل 1 ، كان لفحص Abbott Sars-Cov-2 (الجمع بين جينات RDRP و N) أدنى نسبة مئوية CT (<20 CT) بنسبة 87.6 ٪ ، في حين أن قيمة CT لجين ORF1A/B في Sansure Biotech 2019 Study - أظهر تحليل NCOV انخفاض المقطع. процент значений (<20 ct) составил 50،3 ٪ ، арроцент ыتمر 3،2 ٪. كانت النسبة المئوية للقيم (<20 CT) 50.3 ٪ ، وكانت النسبة المئوية للقيم CT المرتفعة (36-40 CT) 3.2 ٪.سجل اختبار Abbott Sars-Cov-2 B قيم CT أعلى من 30. من ناحية أخرى ، على جين BGI SARS-COV-2 ، كان لدى الجين ORF1A/B قيمة CT عالية (> 36 CT) كانت 4 ٪ (الشكل 1). من ناحية أخرى ، على جين BGI SARS-COV-2 ، كان لدى الجين ORF1A/B قيمة CT عالية (> 36 CT) كانت 4 ٪ (الشكل 1). с дйой строны ، в анализе bgi sars-cov-2 ген orf1a/b иеел выыокоut ззначеمس (> 36 ct) ، من ناحية أخرى ، في تحليل BGI SARS-COV-2 Gene ORF1A/B كان لها قيمة CT عالية (> 36 CT) ، وكانت النسبة المئوية 4 ٪ (الشكل 1).另一方面 ， 在 bgi sars-cov-2 检测中 ， orf1a/b 基因具有高 ct 值 （> 36 ct） 的百分比为 4 ٪ （图 1）。 من ناحية أخرى ، في اكتشاف BGI SARS-COV-2 ، فإن النسبة المئوية لجين ORF1A/B ذي قيمة CT عالية (> 36 CT) هي 4 ٪ (الشكل 1). с дрой строны ، в анализе bgi sars-cov-2 процент генов orf1a/b с ыыилими зззенияи ct (> 36 ct) сотил сисимимимилилияияи и с 36 ct). من ناحية أخرى ، في تحليل BGI SARS-COV-2 ، كانت النسبة المئوية لجينات ORF1A/B مع قيم CT عالية (> 36 CT) 4 ٪ (الشكل 1).
في هذه الدراسة ، أخذنا 164 عينة البلعوم الأنفي. بالنسبة لجميع أنواع المقايسات ، تم إجراء عزل الحمض النووي الريبي والتضخيم باستخدام الأساليب والمجموعات الموصى بها من قبل الشركات المصنعة المعنية.
أظهرت هذه الدراسة أن اختبار Abbott لـ SARS-COV-2 لديه نفس أداء الكشف مثل CRS ، مع توافق إيجابي ، سلبي ، وإجمالي. اتفاق كوهين كابا هو 1.00 ، مما يشير إلى اتفاق كامل مع CRS. وجدت دراسة مماثلة أجرتها جامعة واشنطن في الولايات المتحدة أن الحساسية الشاملة وخصوصية اختبار ABBOTT لـ SARS-COV-2 كانت 93 ٪ و 100 ٪ ، على التوالي ، مقارنةً بالفحص المحدد للمختبر (LDA) من مركز السيطرة على الأمراض . 11. يعتمد نظام الكشف عن Abbott SARS-COV-2 على الكشف المشترك في وقت واحد لجينات N و RDRP ، لأن كلا الجينين أكثر حساسية ، مما يقلل من السلبيات الخاطئة 12. أظهرت دراسة في فيينا ، النمسا أيضًا أن أحجام عينة الاستخراج الكبيرة وكشف الأحجام المتوفرة قللت من آثار التخفيف وزيادة كفاءة الكشف 13. وبالتالي ، يمكن أن ترتبط مطابقة Abbott المثالية لفحص SARS-COV-2 بنظام اكتشاف النظام الأساسي الذي يكتشف في وقت واحد الجينات التوافقية ، ويستخلص عدد كبير من العينات (0.5 مل) ، ويستخدم كمية كبيرة من eluent (40 ميكرولتر).
أظهرت نتائجنا أيضًا أن أداء الكشف عن الاختبار الوراثي DAAN كان هو نفسه تقريبًا مثل CRS. وهذا يتفق مع دراسة 14 أجريت في جامعة آنهوي في هويانان ، الصين ، ومطالبة الشركة المصنعة بالاتفاق الإيجابي بنسبة 100 ٪. على الرغم من التقارير عن نتائج ثابتة ، كانت عينة واحدة خاطئة بعد إعادة اختبار نفس الانبعاث ، ولكنها كانت إيجابية في فحوصات Abbott Sars-Cov-2 و Sansure Biotech NCOV-2019. هذا يشير إلى أنه قد يكون هناك تباين في النتائج عبر أنواع مختلفة من المقايسات. ومع ذلك ، في الدراسة التي أجريت في الصين 15 ، كانت نتيجة اختبار الجينات DAAN مختلفًا بشكل كبير (P <0.05) مقارنةً بمقايسة المرجع المحددة مع المختبر. ومع ذلك ، في الدراسة التي أجريت في الصين 15 ، كانت نتيجة اختبار الجينات DAAN مختلفًا بشكل كبير (P <0.05) مقارنةً بمقايسة المرجع المحددة مع المختبر. т нне ненее ، в иседованииوال ، проведедедном в китае15 ، резттатат ​​аниза daan gene значитانوية отннн. лаораторمس э ээонدق аниза. ومع ذلك ، في دراسة أجرتها الصين 15 ، كانت نتيجة تحليل دان جين مختلفة بشكل كبير (P <0.05) من تحليلها المرجعي المختبري.然而 ， 在中国进行的研究中 15 ， 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异 （p <0.05）。然而 ， 在中国进行的研究中 15 ， 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差 <0.05 оннако в иедедованииواء ، проведедедном вит5 ، сравнению с ео э ээонны лабораторمس тест. ومع ذلك ، في دراسة في الصين 15 ، كانت نتائج الاختبار الجيني لـ DAAN مختلفة بشكل كبير (P <0.05) مقارنة باختبار المختبر المرجعي.قد يكون هذا التناقض بسبب حساسية الاختبار المرجعي للكشف عن SARS-COV-2 ، وقد تكون المزيد من الدراسات مهمة لتحديد السبب.
بالإضافة إلى ذلك ، قيمت دراستنا الأداء المقارن لفحص SARS-COV-2 BGI مع CRS ، مما يدل على اتفاقية النسبة المئوية الإيجابية الممتازة (PPA = 97.9 ٪) ، واتفاقية النسبة المئوية السلبية (NPA = 100 ٪) ، واتفاقية النسبة المئوية الإجمالية حسب الجنس ( أوبا). ). = 98.8 ٪). أظهرت قيم كوهين كابا اتفاقًا جيدًا (K = 0.975). أظهرت الدراسات في هولندا 16 والصين 15 نتائج متسقة. اختبار SARS-COV-2 BGI هو اختبار الكشف عن الجين (ORF1A/B) باستخدام 10 ميكرولتر التضخيم/الكشف. على الرغم من الاتفاق الإحصائي الجيد مع نتائجنا المرجعية ، فقد أخطأ التحليل عينتين إيجابيتين (1.22 ٪) من العينة الكلية. يمكن أن يكون لهذا تداعيات سريرية ضخمة على ديناميات الإرسال على كل من مستويات المريض والمجتمع.
وكان تحليل مقارن آخر في هذه الدراسة هو الفحص Sansure Biotech NCOV-2019 RRT-PCR (RUO) ؛ كانت نسبة المباراة الإجمالية 96.3 ٪. تم تحديد قوة الاتفاق أيضًا من خلال قيمة كوبا كوهين ، والتي كانت 0.925 ، مما يشير إلى اتفاق كامل مع CRS. مرة أخرى ، تتطابق نتائجنا للدراسات التي أجريت في جامعة سنترال ساوث في تشانغشا ، الصين ، وفي قسم المختبرات السريرية في مستشفى ليوزهو الشعبي ، ليوزو ، الصين 17. على الرغم من أن التوافق الإحصائي الجيد أعلاه تم تسجيله ، فقد أظهر اختبار chi-square (اختبار MacNemar) أن نتيجة اختبار Sansure Biotech كان لها فرق ذي دلالة إحصائية مقارنة بـ CRS (P <0.005). على الرغم من أن التوافق الإحصائي الجيد أعلاه تم تسجيله ، فقد أظهر اختبار chi-square (اختبار MacNemar) أن نتيجة اختبار Sansure Biotech كان لها فرق ذي دلالة إحصائية مقارنة بـ CRS (P <0.005). нous с н н н т ، ч ч ызоиксированоذلك (критерий йакнемара) 0،005). على الرغم من أن الاتفاق الإحصائي الجيد أعلاه قد تم تسجيله ، فقد أظهر اختبار Chi-Square (اختبار McNemar) أن نتيجة اختبار Sansure Biotech كان لها فرق ذي دلالة إحصائية مقارنة بـ CRS (P <0.005).尽管记录了上述良好的统计一致性 ， 但卡方检验 （macnemar 检验） 表明 ， sansure Biotech 检测的结果与 crs 相比具有统计学显着差异 （p <0.005）。尽管 记录 了 上述 良好 一致性 ， 但 但 （（（macnemar 检验 ， ， ， sansure biotech 检测 结果 与 crs 相比 具有 显着 （（p <0.005 。。。。。。。。。。。。。。。。 。。。）））） нессотр н о оечечеченоإest ыш хорошее статистическоمر стттивически значимию разниц (p <0،005) على الرغم من الاتفاق الإحصائي الجيد المذكور أعلاه ، أظهر اختبار Chi-Square (اختبار McNemar) فرقًا ذا دلالة إحصائية (P <0.005) بين مقايسة Sansure Biotech و CRS.تم العثور على ست عينات (3.66 ٪) لتكون سلبيات كاذبة مقارنة مع CRS (الجدول التكميلي 1) ؛ هذا أمر مهم للغاية ، خاصة بالنظر إلى ديناميات انتقال الفيروس. تدعم البيانات أعلاه أيضًا معدل الكشف المنخفض هذا 15.
في هذه الدراسة ، تم تحديد قيم التصوير المقطعي المحوسب لكل مقايسة ومنصة ، مع أدنى قيمة CT المبلغ عنها في اختبار Abbott SARS-COV-2. قد تكون هذه النتيجة مرتبطة بنظام الاختبار الجيني المدمج في Abbott لاكتشاف SARS-COV-2. لذلك ، وفقًا للشكل 1 ، كان لدى 87.6 ٪ من نتائج Abbott Sars-Cov-2 قيم CT أقل من 20. فقط عدد صغير من نتائج العينة (12.4 ٪) في نطاق 20-30. لم يتم تسجيل قيم CT فوق 30. بالإضافة إلى استخدام Abbott لتنسيق الاختبار الجيني لـ SARS-COV-2 ، قد تكون هذه النتيجة مرتبطة بحد الكشف المنخفض (32.5 نسخة من الحمض النووي الريبي/مل) 18 ، وهو أقل بثلاث مرات من الحد الأدنى للشركة البالغ 100 نسخة من الحمض النووي الريبي /مل. مل) 19.
تحتوي هذه الدراسة على بعض القيود: أولاً ، ليس لدينا طرق قياسية/مرجعية [مثل الحمل الفيروسي أو الاختبارات المختبرية الأخرى (LDA)] بسبب نقص الموارد. ثانياً ، كانت جميع العينات المستخدمة في هذه الدراسة هي مسحات البلعوم الأنفي ، في حين أن النتائج لم تكن قابلة للتطبيق على أنواع العينات الأخرى ، والثالث ، كان حجم العينة لدينا صغيرًا.
قارنت هذه الدراسة أداء أربعة فحوصات RRT-PCR لعينات SARS-COV-2 باستخدام عينات البلعوم الأنفي. كان لجميع فحوصات الكشف أداءً قابلاً للمقارنة تقريبًا ، باستثناء اختبار Sansure Biotech. علاوة على ذلك ، تم تحديد معدل الإيجابية المنخفض في اختبار Sansure Biotech مقارنة مع CRS (P <0.05). علاوة على ذلك ، تم تحديد معدل الإيجابية المنخفض في اختبار Sansure Biotech مقارنة مع CRS (P <0.05). кро того ، в тесте sansure Biotech ы ыывен низкий процент пожителыхных резттов по с с с с с с с с с с сннннн بالإضافة إلى ذلك ، أظهر اختبار التكنولوجيا الحيوية Sansure نسبة منخفضة من النتائج الإيجابية مقارنة بـ CRS (P <0.05).此外 ， 与 crs 相比 ， Sansure Biotech 检测的阳性率较低 (p <0.05)。此外 ， 与 crs 相比 ， Sansure Biotech 检测的阳性率较低 (p <0.05)。 кро того ، анализ Sansure Biotech ، бололеееееезкий уровеمر полителыхных резттттт^ п с с crs (p <0،05). بالإضافة إلى ذلك ، كان لفحص Sansure Biotech معدل إيجابية أقل مقارنة بـ CRS (P <0.05).تجاوز تحليل Sansure Biotech NCOV-2019 (RUO) لـ PPA و NPA والاتفاق العام 93.5 ٪ مع قوة Cohen Kappa بقيمة اتفاق قدرها 0.925. أخيرًا ، يحتاج فحص Sansure Biotech (RUO) إلى مزيد من التحقق من الصحة لاستخدامه في إثيوبيا ، ويجب النظر في بحث إضافي لتقييم المطالبات من الشركات المصنعة الفردية.
أجري تصميم الدراسة المقارنة في أربعة مرافق صحية في أديس أبابا ، مستشفى إيكا كوتبي ، مركز علاج كنيسة الألفية ، مستشفى زوودتو التذكاري ، ومستشفى سانت بطرس السل. تم جمع البيانات بين 1 و 31 ديسمبر 2020. تم اختيار المنشآت الطبية لهذه الدراسة عن قصد بناءً على عدد الحالات العالية وتوافر مراكز العلاج الرئيسية في المدينة. وبالمثل ، تم اختيار الأدوات ، بما في ذلك أدوات ABI 7500 و Abbott M2000 في الوقت الفعلي ، وفقًا لتوصيات مصنعي كاشفات NAAT ، وتم اختيار أربع مجموعات للكشف عن PCR لهذه الدراسة ، حيث استخدمت معظم المختبرات في إثيوبيا على الأقل على الأقل على الأقل على الأقل على الأقل على الأقل على الأقل على الأقل على الأقل على الأقل على الأقل على الأقل على الأقل. أربعة منهم. اختبار الجينات ، واختبار Abbott SARS-COV-2 ، واختبار Sansure Biotech ، واختبار SARS-COV-2 BGI الذي أجري أثناء الدراسة).
تم إجراء اختبار لـ SARS-COV-2 من 1 إلى 30 ديسمبر 2020 باستخدام 3 مل من وسيط النقل الفيروسي (VTM) (تقنية Miraclean ، Shenzhen ، الصين) من الأفراد قيد التحقيق في Covid-19 المشار إليها EPHI. تم جمع عينات البلعوم الأنفي بواسطة جامعي العينات المدربين وإرسالها إلى EPHI في عبوات ثلاثية. قبل عزل الحمض النووي ، يتم تعيين كل عينة رقم تعريف فريد. يتم تنفيذ الاستخراج من كل عينة فور وصوله باستخدام طرق الاستخراج اليدوية والتلقائية. وبالتالي ، بالنسبة للاستخراج التلقائي لـ Abbott M2000 ، تم استخراج 1.3 مل (بما في ذلك 0.8 مل من حجم ميت وحجم استخراج 0.5 مل) للعينة من كل عينة وتم تمرير IL ، الولايات المتحدة الأمريكية). ) تم تضمين دفعة من 96 [92 عينة ، عناصر تحكم الكشف واثنين من عناصر التحكم غير المبتدئين (NTC)] في العملية الكلية (الاسترجاع والكشف) لجولتين من SARS-Cov-2 (EUA) في الوقت الفعلي. التعدين. وبالمثل ، للاستخراج اليدوي ، استخدم نفس العينات (للاستخراج التلقائي والاكتشاف). وهكذا ، خلال العملية ، تم قسمة 140 ميكرولتر واستخلاصها باستخدام مجموعة Qiaamp RNA Mini Kit (Qiagen GmbH ، هيلدن ، ألمانيا) على دفعات من 24 (بما في ذلك 20 عينة ، واثنين من ضوابط الفحص واثنين من NTCs) على تسع جولات. تم تضخيم متطابقات مستخرجة يدويًا واكتشافها باستخدام Cycler الحراري ABI 7500 باستخدام اختبار SARS-COV-2 BGI ، وفحص الجينات DAAN ، وفحص Sansure Biotech.
العزلة الآلية وتنقية الحمض النووي الريبي SARS-COV-2 تتبع مبدأ الخرزة المغناطيسية باستخدام كواشف تحضير عينة Abbott DNA. يتم تنشيط العينات وعينات الجزيئات الفيروسية باستخدام منظف يحتوي على isothiocyanate guanidine لتوضيح البروتين وعدم تنشيط RNase. ثم يتم فصل الحمض النووي الريبي عن البروتين عن طريق فصل الطور الصلب باستخدام السيليكا ، أي ملح guanidinium ودرجة الحموضة القلوية من المخزن المؤقت للتحلل يعزز ربط الأحماض النووية بالسيليكا (SiO2). تزيل خطوة الشطف البروتينات والحطام المتبقية لإنتاج حل واضح. يتم عزل الحمض النووي الريبي الشفاف من الجسيمات الدقيقة القائمة على السيليكا باستخدام الحقل المغناطيسي للأداة 20،21. من ناحية أخرى ، يتم تنفيذ العزلة اليدوية وتنقية الحمض النووي الريبي بواسطة طريقة عمود الدوران باستخدام الطرد المركزي بدلاً من الحامل المغناطيسي وفصل الجسيمات الدقيقة من الشفرة.
تم إجراء اختبار اكتشاف Abbott في الوقت الفعلي SARS-COV-2 (Abbott Molecular ، Inc.) وفقًا لتعليمات الشركة المصنعة ، التي تلقت EUA19،22 من WHO و FDA. في هذا البروتوكول ، تم إجراء تعطيل العينة قبل الاستخراج في حمام مائي عند 56 درجة مئوية لمدة 30 دقيقة. بعد تعطيل الفيروس ، تم إجراء استخراج الحمض النووي على أداة ABBOTT M2000 SP من 0.5 مل VTM باستخدام نظام إعداد عينة DNA ABBOTT M2000. وفقا للشركة المصنعة. تم إجراء التضخيم والاكتشاف باستخدام أداة Abbott M2000 RT-PCR ، وتم إجراء الكشف المزدوج لجينات RDRP و N. ROX) و VIC P (صبغة الملكية) لاستهداف الضوابط الداخلية والكشف عنها ، مما يتيح الكشف المتزامن لكلا منتجات التضخيم 19.
تعتمد طريقة اكتشاف التضخيم لهذه المجموعة على تقنية RT-PCR من خطوة واحدة. تم اختيار جينات ORF1A/B و N كمناطق محفوظة بواسطة تقنية الجينات DAAN للكشف عن تضخيم المنطقة المستهدفة. تم تصميم الاشعال المحددة وتحقيقات الفلورسنت (تحقيقات الجين N المسمى مع FAM ، ORF1A/B تحقيقات المسمى مع VIC) للكشف عن RNA SARS-2 في العينات. تم تحضير الخلطات النهائية والمزج عن طريق إضافة 5 ميكرولتر من Eluent إلى 20 ميكرولتر من المزيج الرئيسي إلى حجم نهائي قدره 25 ميكرولتر. تم إجراء التضخيم والاكتشاف في وقت واحد على أداة PCR في الوقت الفعلي ABI 750024.
تم اكتشاف جينات ORF1A/B و N باستخدام مجموعة تشخيص الأحماض النووية Sansure Biotech NCOV-2019 (اكتشاف PCR الفلوري). قم بإعداد تحقيقات محددة لكل جين مستهدف عن طريق تحديد قناة FAM لمنطقة ORF1A/B وقناة ROX لجين N. إلى مجموعة الفحص هذه ، تتم إضافة الكواشف المزيفة والماجستير على النحو التالي: قم بإعداد 30 ميكرولتر من كاشف المزيج الرئيسي وعينة 20 ميكرولتر للكشف/التضخيم. تم استخدام PCR ABI 750025 في الوقت الحقيقي للتضخيم/الكشف.
اختبار SARS-COV-2 BGI هو مجموعة RRT-PCR في الوقت الفعلي لتشخيص COVID-19. تقع المنطقة المستهدفة في منطقة ORF1A/B لجينوم SARS-COV-2 ، وهي طريقة واحدة للكشف عن الجينات. بالإضافة إلى ذلك ، فإن جين التدبير المنزلي البشري act-actin هو جين مستهدف داخليًا. يتم تحضير المزيج الرئيسي عن طريق خلط 20 ميكرولتر من كاشف المزيج الرئيسي و 10 ميكرولتر من عينة الحمض النووي الريبي المستخرجة في لوحة بئر 26. تم استخدام أداة PCR الكمية في الوقت الفعلي ABI 7500 للتضخيم والاكتشاف. تم إجراء جميع تضخيم الحمض النووي ، وظروف تشغيل PCR لكل اختبار ، وتفسير النتائج وفقًا لتعليمات الشركة المصنعة المعنية (الجدول 3).
في هذا التحليل المقارن ، لم نستخدم الطريقة المعيارية المرجعية لتحديد اتفاقية النسبة المئوية (إيجابية ، سلبية ، وإجمالية) ومعلمات المقارنة الأخرى للتحليلات الأربعة. تم إجراء كل مقارنة اختبار مع CRS ، في هذه الدراسة تم تعيين CRS من خلال القاعدة "أي إيجابية" وتم تحديد النتيجة ، وليس عن طريق اختبار واحد ، استخدمنا ما لا يقل عن نتائج اختبار متطابقة. بالإضافة إلى ذلك ، في حالة انتقال Covid-19 ، تكون النتائج السلبية الخاطئة أكثر خطورة من النتائج الإيجابية الخاطئة. لذلك ، لقول "إيجابي" بدقة قدر الإمكان من نتيجة CRS ، يجب أن يكون ما لا يقل عن اختبارين للمقايسة إيجابية ، مما يعني أنه من المحتمل أن تأتي نتيجة إيجابية واحدة على الأقل من اختبار EUA. وبالتالي ، من بين أربع نتائج اختبار ، تعتبر نتائج الاختبار أو أكثر التي تعطي نفس النتيجة إيجابية أو سلبية 18،27.
تم جمع البيانات باستخدام نماذج استخراج البيانات المنظمة ، وأجريت إدخال البيانات وتحليلها باستخدام برنامج Excel الإحصائي و SPSS الإصدار 23.0 للإحصاءات الوصفية. تم تحليل الاتفاقية الإيجابية والسلبية والإجمالية في النسبة المئوية ، وتم استخدام درجة KAPPA لتحديد درجة اتفاق كل طريقة مع CRS. يتم تفسير قيم Kappa على النحو التالي: 0.01 إلى 0.20 للاتفاق المعتدل ، من 0.21 إلى 0.40 للاتفاق العام ، 0.41-0.60 للاتفاق المعتدل ، 0.61-0.80 للاتفاق الرئيسي و 0.81-0.99 لاتفاق كامل 28.
تم الحصول على تصريح أخلاقي من جامعة أديس أبابا وتمت الموافقة على جميع البروتوكولات التجريبية لهذه الدراسة من قبل مجلس مراجعة الأخلاق العلمي في معهد الصحة الإثيوبي. الرقم المرجعي لترخيص Ephi Ethics هو Ephi/IRB-279-2020. تم تطبيق جميع الطرق وفقًا لتوصيات وأحكام الإرشادات الوطنية الإثيوبية الشاملة لعلاج Covid-19. بالإضافة إلى ذلك ، تم الحصول على موافقة خطية مستنيرة من جميع المشاركين في الدراسة قبل المشاركة في الدراسة.
يتم تضمين جميع البيانات التي تم الحصول عليها أو تحليلها في هذه الدراسة في هذه المقالة المنشورة. البيانات التي تدعم نتائج هذه الدراسة متاحة من المؤلف المعني بناءً على طلب معقول.
منظمة الصحة العالمية. توصيات لاستراتيجيات اختبار المختبر لـ Covid-19: التوجيه المؤقت ، 21 مارس 2020 رقم/2019-NCOV/LAB_TESTING/2020.1 (منظمة الصحة العالمية ، 2020).
Mouliou ، DS ، Pantazopoulos ، I. & Gourgoulianis ، Ki Covid-19 Smart Diagnosis في قسم الطوارئ: الكل في الممارسة. Mouliou ، DS ، Pantazopoulos ، I. & Gourgoulianis ، Ki Covid-19 Smart Diagnosis في قسم الطوارئ: الكل في الممارسة.Muliou ، DS ، Pantazopoulos ، I. and Gurgulianis ، KI Divisosis of Covid-19 في قسم الطوارئ: كل شيء في الممارسة.Muliou DS ، Pantazopoulos I. و Gurgulyanis Ki التشخيص الذكي لـ Covid-19 في أقسام الطوارئ: التكامل من شوط إلى النهاية في الممارسة. خبير القس الربح. الدواء. 3 ، 263-272 (2022).
Mitchell ، SL & St George ، K. تقييم معرف Covid19 الآن EUA الفحص. Mitchell ، SL & St George ، K. تقييم معرف Covid19 الآن EUA الفحص.Mitchell ، SL and St. George ، K. تقييم معرف Covid19 الآن EUA الفحص.Mitchell SL و St. George K. تقييم معرف Covid19 الآن مقايسة EUA. J. السريرية. فايروس. 128 ، 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
من. الكشف عن المختبر لمرض فيروس كورونا 2019 (Covid-19) في مرض بشري مشتبه به. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (تم الوصول إليه في 15 أغسطس 2020) (منظمة الصحة العالمية ، 2020).
Udugama ، B. et al. تشخيص Covid-19: الأمراض وأدوات الاختبار. ACS Nano 14 (4) ، 3822–3835 (2020).
سيد س. وآخرون. إنشاء كلية علماء الأمراض في شرق ووسط وجنوب إفريقيا - المدرسة الإقليمية لعلم الأمراض في الشرق الأوسط وجنوب إفريقيا. أفريقيا. J. Lab. الدواء. 9 (1) ، 1-8 (2020).
المعهد الإثيوبي للصحة العامة ، وزارة الصحة الفيدرالية. الإستراتيجية الوطنية المؤقتة والتوجيه للتشخيص المختبري لـ Covid-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/ephi_pheoc_covid-19_laboratory_diagnosis_eng.pdf (تم الوصول إليه في 12 أغسطس 2020) (ephi ، 2020).
وولوشين ، س. وولوشين ، س.فولوشين س.فولوشين س. ن. المهندس. J. الطب. 383 (6) ، E38 (2020).
Mouliou ، DS & Gourgoulianis ، KI إيجابية كاذبة و Covid-19 الحالات: استراتيجيات الوقاية من الجهاز التنفسي وإدارتها ، التطعيم ، ومزيد من المنظورات. Mouliou ، DS & Gourgoulianis ، KI إيجابية كاذبة و Covid-19 الحالات: استراتيجيات الوقاية من الجهاز التنفسي وإدارتها ، التطعيم ، ومزيد من المنظورات. mouliou ، ds & gourgoulianis ، ki жriпополителные и жожноسبب вакцинаци ц и аалнейшие перективы. Mouliou ، DS & Gourgoulianis ، KI الحالات السلبية الإيجابية والخطبة الخاطئة من Covid-19: استراتيجيات الوقاية من الجهاز التنفسي والعلاج ، التطعيم والطريق إلى الأمام.Muliu ، DS و Gurgulianis ، KI الحالات الإيجابية الإيجابية والسلبية الخاطئة لـ Covid-19: استراتيجيات للوقاية من الجهاز التنفسي والعلاج ، التطعيم والطريق إلى الأمام. خبير القس الربح. الدواء. 15 (8) ، 993-1002 (2021).
Mouliou ، DS ، Ioannis ، P. & Konstantinos ، G. Covid-19 Diagnosis في قسم الطوارئ: رؤية الشجرة ولكن فقدان الغابة. Mouliou ، DS ، Ioannis ، P. & Konstantinos ، G. Covid-19 Diagnosis في قسم الطوارئ: رؤية الشجرة ولكن فقدان الغابة.Mouliou ، DS ، Ioannis ، P. and Konstantinos ، G. Covid-19 Diagnosis في قسم الطوارئ: انظر الشجرة ، تفقد الغابة.Muliou DS ، Ioannis P. ، و Konstantinos G. Covid-19 تشخيص في غرف الطوارئ: لا يكفي غابة للأشجار. يظهر. الدواء. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli ، E. et al. التحقق من الصحة والتحقق من صحة الأداء التحليلي والسريري لفحص Abbott REALTIME SARS-COV-2. J. السريرية. فايروس. 129 ، 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei ، HR ، Afshar ، AA ، Kalantar-Mneestanaki ، D. ، Fazlalipour ، M. & Aflatoonian ، B. مقارنة بين خمس مجموعات تمهيدية من منطقة جينوم مختلفة من Covid-19 للكشف عن عدوى الفيروس بواسطة RT-PCR التقليدية. Mollaei ، HR ، Afshar ، AA ، Kalantar-Meneestanaki ، D. ، Fazlalipour ، M. & Aflatoonian ، B. مقارنة بين خمس مجموعات تمهيدية من مناطق جينوم مختلفة من Covid-19 للكشف عن عدوى الفيروس بواسطة RT-PCR التقليدية.Mollaei ، HR ، Afshar ، AA ، Kalantar-Meneestanaki ، D. ، Fazlalipour ، M. and Aflatunyan ، B. مقارنة بين خمس مجموعات من الاشعال من مناطق مختلفة من جينوم Covid-19 للكشف عن العدوى الفيروسية بواسطة RT-PCR التقليدية. Mollaei ، HR ، Afshar ، AA ، Kalantar-Leyestanaki ، D. Mollaei ، HR ، Afshar ، AA ، Kalantar-Mneestanaki ، D.Mollaei HR ، Afshar AA ، Kalantar-Meneestanaki D ، Fazlalipour M. و Aflatunyan B. مقارنة خمس مجموعات من الاشعال من مناطق مختلفة من جينوم Covid-19 للكشف عن العدوى الفيروسية بواسطة RT-PCR التقليدية.إيران. ياء علم الأحياء الدقيقة. 12 (3) ، 185 (2020).
Goertzer ، I. et al. النتائج الأولية لبرنامج تقييم الجودة الخارجي الوطني للكشف عن تسلسل الجينوم SARS-COV-2. J. السريرية. فايروس. 129 ، 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
وانغ ، م. وآخرون. التقييم التحليلي لفعالية خمس مجموعات RT-PCR لمتلازمة الجهاز التنفسي الحاد الشديد متلازمة كورونافيروس 2. J. السريرية. معمل. فتحة الشرج. 35 (1) ، E23643 (2021).
وانغ ب. وآخرون. تقييم سبع مجموعات الكشف عن الحمض النووي الريبي SARS-2 المتاحة تجاريا في الصين استنادًا إلى تفاعل سلسلة البلمرة في الوقت الفعلي (PCR). سريري. كيميائية. معمل. الدواء. 58 (9) ، E149 - E153 (2020).
Van Casteren ، PB et al. مقارنة بين سبع مجموعات تشخيصية RT-PCR COVID-19. J. السريرية. فايروس. 128 ، 104412 (2020).
لو ، يو ، وآخرون. مقارنة بين الأداء التشخيصي لمجموعات PCR للكشف عن الأحماض النووية SARS-COV-2. J. السريرية. معمل. فتحة الشرج. 34 (10) ، E23554 (2020).
أظهرت Lefart ، PR ، إلخ. أظهرت دراسة مقارنة لأربعة منصات اختبار التضخيم الأحماض النووية SARS-COV-2 (NAAT) أن الأداء المعرف الآن قد تدهور بشكل كبير اعتمادًا على نوع المريض ونوع العينة. تشخبص. علم الأحياء الدقيقة. إصابة. ديس. 99 (1) ، 115200 (2021).
جزيء أبوت. ABBOTT في الوقت الفعلي في الوقت الفعلي حزمة التحليل إدراج. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/realtime-sars-cov-2-assay. 1-12. (اعتبارًا من 10 أغسطس 2020) (2020).
كلاين ، س. وآخرون. عزل SARS-COV-2 RNA باستخدام الخرز المغناطيسي للكشف السريع السريع بواسطة RT-QPCR و RT-lamp. فيروس 12 (8) ، 863 (2020).